123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4500 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4500  hydrogenase expression/synthesis, HypA  100 
 
 
113 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.36 
 
 
128 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.36 
 
 
124 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.52 
 
 
117 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
115 aa  63.2  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.52 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.52 
 
 
117 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.97 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.97 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.43 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.84 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
119 aa  57.8  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
119 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.55 
 
 
117 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.79 
 
 
135 aa  57  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.25 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
110 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
114 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.91 
 
 
117 aa  55.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.78 
 
 
121 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.68 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.36 
 
 
115 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.04 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.1 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.32 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  28.57 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.63 
 
 
115 aa  53.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.17 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.17 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.17 
 
 
115 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.26 
 
 
113 aa  52  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.7 
 
 
117 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
113 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  27.68 
 
 
113 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
119 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
114 aa  52  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.83 
 
 
113 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.71 
 
 
118 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.85 
 
 
136 aa  51.6  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.26 
 
 
114 aa  51.6  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.25 
 
 
110 aa  50.4  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.04 
 
 
128 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.1 
 
 
115 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.17 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.21 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.61 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.57 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.62 
 
 
136 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.11 
 
 
114 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.36 
 
 
112 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  28.18 
 
 
145 aa  48.9  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.86 
 
 
115 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0650  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
126 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.235635  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.43 
 
 
114 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.21 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.95 
 
 
117 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  26.79 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.84 
 
 
117 aa  48.1  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.43 
 
 
114 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.43 
 
 
114 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.92 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.34 
 
 
136 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.72 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.63 
 
 
117 aa  47.4  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
117 aa  47.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  22.52 
 
 
113 aa  46.2  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  22.12 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  22.12 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  22.12 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  22.12 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  22.12 
 
 
118 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.26 
 
 
112 aa  46.2  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.29 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  24 
 
 
116 aa  45.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  24.77 
 
 
112 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1303  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 
126 aa  45.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.263812  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  21.37 
 
 
120 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1373  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 
126 aa  45.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.673816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  21.37 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.12 
 
 
116 aa  45.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  21.37 
 
 
120 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>