172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1382 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  100 
 
 
138 aa  270  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  55.88 
 
 
121 aa  114  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50 
 
 
130 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  47.83 
 
 
115 aa  107  6e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  45.45 
 
 
145 aa  104  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  41.96 
 
 
117 aa  87.4  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.94 
 
 
117 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.39 
 
 
121 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  39.53 
 
 
107 aa  79.3  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
114 aa  77.4  0.00000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.17 
 
 
118 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
118 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
115 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.4 
 
 
139 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
118 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.58 
 
 
138 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
118 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.59 
 
 
123 aa  70.5  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.97 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.32 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.84 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
119 aa  67.4  0.00000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.82 
 
 
114 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
115 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.89 
 
 
119 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.89 
 
 
119 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.09 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.17 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
121 aa  63.2  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  31.86 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.26 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.09 
 
 
112 aa  62.4  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.68 
 
 
138 aa  61.6  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.14 
 
 
115 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
110 aa  61.2  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
123 aa  61.2  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.48 
 
 
125 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  32.74 
 
 
110 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  30.58 
 
 
138 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
117 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.07 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.25 
 
 
114 aa  57.4  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.25 
 
 
114 aa  57  0.00000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.09 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.19 
 
 
114 aa  57  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
115 aa  56.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.19 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  30.09 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.57 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.93 
 
 
136 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.17 
 
 
128 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  55.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
120 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
137 aa  55.1  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.52 
 
 
114 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.78 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.37 
 
 
116 aa  53.5  0.0000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2358  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.07 
 
 
132 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.859502  normal  0.0379693 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.25 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
115 aa  52.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.03 
 
 
112 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  30 
 
 
110 aa  51.2  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.7 
 
 
110 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
117 aa  50.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
110 aa  50.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.66 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.57 
 
 
113 aa  50.1  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
112 aa  50.4  0.000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.32 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.13 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.66 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>