186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1498 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
117 aa  238  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  49.14 
 
 
139 aa  121  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  48.28 
 
 
117 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  46.9 
 
 
114 aa  115  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  47.41 
 
 
138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.79 
 
 
117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.13 
 
 
121 aa  82  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.48 
 
 
110 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.26 
 
 
128 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.79 
 
 
110 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.17 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.74 
 
 
110 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
138 aa  73.6  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.9 
 
 
114 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.75 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.39 
 
 
110 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.74 
 
 
123 aa  70.5  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
120 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  36.52 
 
 
110 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.29 
 
 
114 aa  70.1  0.000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.69 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  37.5 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.29 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
109 aa  67.4  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.61 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.48 
 
 
119 aa  67.4  0.00000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
113 aa  67  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
113 aa  67  0.00000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
119 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.9 
 
 
112 aa  65.5  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.58 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.78 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.61 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.48 
 
 
119 aa  65.1  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.48 
 
 
136 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  35.42 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
116 aa  63.5  0.0000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.44 
 
 
115 aa  63.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
124 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.96 
 
 
109 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.96 
 
 
109 aa  61.6  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.46 
 
 
109 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.62 
 
 
110 aa  60.8  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.91 
 
 
113 aa  60.8  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.65 
 
 
112 aa  60.5  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.29 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  34.78 
 
 
121 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.44 
 
 
114 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.25 
 
 
117 aa  59.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  32.29 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.68 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.75 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.93 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.31 
 
 
114 aa  58.2  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.08 
 
 
115 aa  57  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
115 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.43 
 
 
128 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.97 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.73 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
112 aa  55.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  26.96 
 
 
132 aa  56.2  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
114 aa  56.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
117 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.65 
 
 
110 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.38 
 
 
115 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  29.59 
 
 
112 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.91 
 
 
111 aa  54.3  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  27.59 
 
 
125 aa  53.9  0.0000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.2 
 
 
114 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.2 
 
 
114 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
115 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  31.03 
 
 
116 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  31.03 
 
 
120 aa  53.5  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
113 aa  53.9  0.0000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
125 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
114 aa  53.9  0.0000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  32.89 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  32.89 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
114 aa  53.5  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>