141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_17140 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  100 
 
 
132 aa  277  3e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.07 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.13 
 
 
125 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
123 aa  68.6  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.03 
 
 
112 aa  62.8  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.34 
 
 
112 aa  62.8  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.46 
 
 
114 aa  62.8  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.62 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.17 
 
 
114 aa  61.6  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  32.76 
 
 
110 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.03 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
112 aa  59.3  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 
117 aa  59.3  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.19 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 
113 aa  57.4  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.7 
 
 
117 aa  57.4  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
110 aa  57  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.06 
 
 
115 aa  56.6  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.07 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0595  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.41 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.96 
 
 
117 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.61 
 
 
116 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.31 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.51 
 
 
117 aa  55.1  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.2 
 
 
110 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  29.57 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
128 aa  54.7  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 
121 aa  54.3  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  24.35 
 
 
117 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  26.56 
 
 
125 aa  53.9  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.59 
 
 
112 aa  53.9  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.31 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.31 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.31 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  31.36 
 
 
145 aa  53.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0074  hydrogenase nickel incorporation protein  31.58 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
130 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
138 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.7 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  29.66 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.13 
 
 
114 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.72 
 
 
113 aa  52  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.17 
 
 
136 aa  52  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
110 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.09 
 
 
114 aa  51.6  0.000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.09 
 
 
136 aa  51.6  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.86 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.45 
 
 
119 aa  50.8  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.86 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
119 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.86 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.09 
 
 
114 aa  50.8  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.27 
 
 
113 aa  50.4  0.000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.45 
 
 
119 aa  50.4  0.000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.91 
 
 
128 aa  50.1  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.35 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  26.5 
 
 
121 aa  50.1  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  29.91 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.52 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.35 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.27 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  26.72 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  26.67 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
115 aa  48.1  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
123 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  26.72 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  26.72 
 
 
116 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.06 
 
 
110 aa  47.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  28.45 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 
135 aa  47.4  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.45 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.72 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.45 
 
 
111 aa  47.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.59 
 
 
113 aa  47  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.89 
 
 
114 aa  47  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 
114 aa  47  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>