174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1736 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 		 112 aa  231  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  71.43 
 
 		 112 aa  166  7e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.86 
 
 		 113 aa  104  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 		 113 aa  90.1  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 		 119 aa  87.4  6e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 		 119 aa  86.3  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.83 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 		 114 aa  67.4  0.00000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.14 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  27.68 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 		 110 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 		 113 aa  62  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  27.68 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.09 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.13 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 		 116 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  30.36 
 
 		 112 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  27.43 
 
 		 121 aa  60.1  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  28.95 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 		 114 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  30.97 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.82 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.25 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.48 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 		 110 aa  57  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.36 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.82 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 		 113 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.84 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0192  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.25 
 
 		 136 aa  55.8  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.342154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25.89 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  28.32 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  31.3 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.76 
 
 		 114 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  28.32 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  28.32 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 		 113 aa  54.3  0.0000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  27.59 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0412  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.58 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.65842  normal  0.014846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  26.79 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.7 
 
 		 114 aa  53.1  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  25 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  26.79 
 
 		 113 aa  52  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.07 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.68 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.89 
 
 		 113 aa  51.6  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  25 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 		 114 aa  50.8  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.22 
 
 		 117 aa  50.4  0.000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  25.89 
 
 		 113 aa  50.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  26.79 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.11 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25 
 
 		 117 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>