More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5860 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  640    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.3 
 
 
319 aa  619  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.26 
 
 
315 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.84 
 
 
317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
317 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330167  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.61 
 
 
317 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  35.44 
 
 
275 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.23 
 
 
275 aa  179  8e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
289 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
292 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 
291 aa  168  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 
291 aa  168  9e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
288 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
293 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
278 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
287 aa  166  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
289 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
289 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
289 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  33.33 
 
 
272 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.46242  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
283 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
274 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
316 aa  162  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
316 aa  161  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
281 aa  160  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
283 aa  159  5e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
306 aa  158  9e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
280 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
286 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
278 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2225  putative sugar ABC transport system, permease component  31.58 
 
 
268 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279383  normal  0.0771654 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
283 aa  155  7e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
285 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
277 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.06 
 
 
296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.780875  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
273 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12262  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
280 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
288 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
280 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
275 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
277 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
278 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
253 aa  150  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.71 
 
 
275 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374311  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
268 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
274 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.395793  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
272 aa  149  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0836514  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3737  ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103253  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1740  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.51 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139142  normal  0.986821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.612527  normal  0.65761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4213  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.61 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.586864 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
274 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
277 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.619722 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
276 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
276 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0321729  normal  0.632864 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.998448  normal  0.127678 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1204  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
267 aa  146  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.286919  normal  0.719506 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.76 
 
 
277 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0098  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.29 
 
 
241 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152339  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.29 
 
 
277 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3049  transmembrane ABC transporter protein  35.29 
 
 
276 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0698875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2665  ABC sugar (glycerol) transporter, inner membrane subunit  30.29 
 
 
267 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27380  mannitol ABC transporter permease protein  29.94 
 
 
277 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7358  ABC transporter membrane spanning protein  38.03 
 
 
306 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6792  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
285 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
296 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3632  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.8 
 
 
266 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.79 
 
 
306 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.402827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  30.67 
 
 
283 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
277 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
267 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
281 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
266 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.141997 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
277 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
269 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
266 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.23922 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
297 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.68138  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5979  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.56 
 
 
303 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
276 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0964612  normal  0.170787 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
279 aa  142  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
266 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000192828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
266 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926994  hitchhiker  0.00696056 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
303 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.96233  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6466  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.56 
 
 
303 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  28.81 
 
 
278 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>