More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3589 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
276 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
275 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.51 
 
 
278 aa  190  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
311 aa  187  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.736814  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  37.04 
 
 
292 aa  186  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.95 
 
 
297 aa  185  8e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
316 aa  183  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.18 
 
 
283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0255144 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
279 aa  182  7e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
277 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.77 
 
 
275 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.853181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
282 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6158  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
275 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000333491 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
280 aa  180  2e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
276 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.315492  normal  0.863865 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
276 aa  178  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
279 aa  178  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.398115  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
280 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
275 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.621423  normal  0.856041 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
311 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
281 aa  175  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.494114 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3672  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.51 
 
 
277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.191343  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353789  normal  0.790416 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
275 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
275 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
281 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3556  putative ABC transporter permease protein  33.33 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
283 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
291 aa  171  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
280 aa  171  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
273 aa  172  7.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
306 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.433095 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
293 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
297 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
293 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
312 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  0.323454 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.26 
 
 
295 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
275 aa  170  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
296 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
277 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
277 aa  169  6e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000244229  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
296 aa  168  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
288 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
275 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
283 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
276 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  34.88 
 
 
275 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
307 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.642563  decreased coverage  0.0000998416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
306 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.516891  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4652  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0409709  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
278 aa  165  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
278 aa  165  8e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
274 aa  162  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
291 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
274 aa  161  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
305 aa  161  9e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
283 aa  161  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
283 aa  161  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
292 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
281 aa  159  5e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3122  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.22 
 
 
281 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
271 aa  159  7e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
316 aa  158  9e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
273 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00970334  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
281 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
281 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150444  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
289 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  30.11 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
275 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.741227  normal  0.869108 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
281 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
293 aa  155  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  0.943286 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
288 aa  155  6e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
281 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.965906  normal  0.767737 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1810  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.18 
 
 
280 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.817708  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
308 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809225  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.83 
 
 
285 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
282 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.313327  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0078  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
293 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
295 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
276 aa  154  1e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01830  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.72 
 
 
272 aa  153  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
303 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265009  normal  0.0499964 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
289 aa  153  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0418  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.7 
 
 
283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4119  ABC transporter permease protein  35.88 
 
 
303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0396939  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7358  ABC transporter membrane spanning protein  33.92 
 
 
306 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
277 aa  152  5e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  30.71 
 
 
283 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>