More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2908 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
303 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265009  normal  0.0499964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2548  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  95.7 
 
 
304 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00362276  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4119  ABC transporter permease protein  88.12 
 
 
303 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0396939  normal  0.542053 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1260  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
291 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0255144 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.578248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.433095 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
299 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.494114 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.29 
 
 
307 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.642563  decreased coverage  0.0000998416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
306 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.516891  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
292 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3556  putative ABC transporter permease protein  39.69 
 
 
302 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
312 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  0.323454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
308 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809225  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
291 aa  199  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3122  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.97 
 
 
281 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
281 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
281 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
295 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
284 aa  189  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
281 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150444  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
289 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.8 
 
 
278 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
219 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
307 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
307 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
279 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
276 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.577285  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
282 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.8 
 
 
297 aa  152  4e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
253 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
279 aa  150  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.398115  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
285 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210049  normal  0.0503947 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
281 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
277 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5474  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
280 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.9066  normal  0.435889 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 
289 aa  148  9e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.062951  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
288 aa  147  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
285 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.459947 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
285 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11600  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.07 
 
 
283 aa  146  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.57 
 
 
292 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
277 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
277 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.99 
 
 
275 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.299262  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
296 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04600  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
277 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.185029 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
283 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
276 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  36.58 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  32.96 
 
 
280 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1810  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.36 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.817708  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.93 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.216679  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
287 aa  139  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
277 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
281 aa  139  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
299 aa  138  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
274 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
276 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
275 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.62 
 
 
280 aa  137  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
299 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
299 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0163331  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
316 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  32.36 
 
 
275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1957  putative sugar ABC transporter, permease protein  32 
 
 
280 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.605299  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
275 aa  136  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01289  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.553016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.240108  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01300  hypothetical protein  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.534807  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1522  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1427  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.64 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
290 aa  135  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0078  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.77 
 
 
293 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
276 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
283 aa  135  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07090  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.74 
 
 
297 aa  135  9e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484771  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
306 aa  135  9e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.95 
 
 
280 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
281 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133464  normal  0.182587 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.250115 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.37 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0558  ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.42 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
272 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  34.83 
 
 
269 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
404 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.463288 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
294 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 
274 aa  132  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>