More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5701 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
278 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  43.97 
 
 
272 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.77 
 
 
286 aa  206  3e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
276 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
271 aa  202  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
274 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
288 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  38.24 
 
 
275 aa  192  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
316 aa  192  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
275 aa  192  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
319 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.33 
 
 
317 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
319 aa  188  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
316 aa  187  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
284 aa  187  1e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
305 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
286 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.462613  normal  0.281344 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
317 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330167  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
289 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
289 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
289 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
289 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
287 aa  176  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
273 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12262  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
275 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  39.53 
 
 
275 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
281 aa  175  7e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  39.53 
 
 
275 aa  175  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
283 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0121396 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.16 
 
 
297 aa  172  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
278 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
274 aa  171  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
279 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.961495  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
288 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 
288 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
278 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273063  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
278 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
275 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.313337  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
278 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.898469 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
285 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  41.29 
 
 
280 aa  170  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
273 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
286 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
275 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2438  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.14 
 
 
277 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  hitchhiker  0.00104394 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
277 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
277 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27380  mannitol ABC transporter permease protein  36.4 
 
 
277 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
285 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104889  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  38.02 
 
 
278 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
295 aa  169  5e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
277 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2923  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  36.78 
 
 
277 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2638  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.99 
 
 
276 aa  168  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.269935  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
277 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34390  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  36.4 
 
 
277 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020452  normal  0.455482 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3227  putative sugar ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 
285 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0108394  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
280 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 
291 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 
291 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.136412  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
276 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.590535  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.780875  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
276 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
276 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.11102  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11262  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter sugB  41.48 
 
 
274 aa  166  5e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00203297 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
278 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.405999 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.07 
 
 
282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2705  mannitol ABC transporter, permease protein  35.34 
 
 
277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00559467  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0093  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  37.14 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.121482  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.830254  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.18605  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4035  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.26 
 
 
270 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
280 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.09 
 
 
298 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
277 aa  161  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
296 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
276 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.898693  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
276 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00520375  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
276 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.967009  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
273 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  36.5 
 
 
274 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
276 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.746379  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
299 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
276 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.979947 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
296 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>