More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2162 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
285 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104889  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3227  putative sugar ABC transporter, permease protein  78.25 
 
 
285 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0108394  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.26 
 
 
285 aa  401  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.86 
 
 
285 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
279 aa  290  1e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.961495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.01 
 
 
288 aa  290  1e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
286 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 
288 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.390535  normal  0.378627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.09 
 
 
298 aa  182  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
288 aa  180  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  36.06 
 
 
272 aa  179  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
255 aa  177  2e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
292 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.958247  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
292 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.152491  normal  0.601176 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
292 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.164505  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
286 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
271 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
294 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
277 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
278 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  34.56 
 
 
275 aa  158  9e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
291 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3984100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  34.19 
 
 
275 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
275 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
276 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
284 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
317 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
316 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
273 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12262  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
276 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.746379  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
280 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2705  mannitol ABC transporter, permease protein  32.39 
 
 
277 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00559467  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
276 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
287 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
276 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.979947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  40.48 
 
 
274 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2438  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.69 
 
 
277 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  hitchhiker  0.00104394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  34.98 
 
 
280 aa  150  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
317 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330167  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
293 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  30.5 
 
 
275 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
296 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.780875  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
274 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
282 aa  148  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
277 aa  148  9e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
284 aa  148  9e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.898693  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.619722 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  0.0825161 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.11102  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 
291 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  32.51 
 
 
291 aa  146  3e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
277 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.830254  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
292 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
274 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.395793  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0093  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  34.04 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.121482  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0121396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338666  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.639619  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
271 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0761213  normal  0.695628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27380  mannitol ABC transporter permease protein  32.04 
 
 
277 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3049  transmembrane ABC transporter protein  30.82 
 
 
276 aa  145  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0698875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
274 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  35.04 
 
 
275 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2638  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.98 
 
 
276 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.269935  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
288 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
285 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
289 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
276 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.402616  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
289 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
289 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2923  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  32.71 
 
 
277 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
283 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
276 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00520375  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
253 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
275 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.313337  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
275 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
282 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
277 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
277 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34390  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  31.95 
 
 
277 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020452  normal  0.455482 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3171  ABC sugar (glycerol) transporter binding protein inner membrane protein  30.91 
 
 
266 aa  142  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.550599  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4035  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
270 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
276 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0964612  normal  0.170787 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
276 aa  142  9e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.576524 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
283 aa  142  9e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000511748  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4843  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
276 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.967009  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1740  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.21 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139142  normal  0.986821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.462613  normal  0.281344 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.303025  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>