More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0549 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  100 
 
 
272 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.78 
 
 
286 aa  321  9.999999999999999e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
273 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.468113  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2923  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  41.6 
 
 
277 aa  201  8e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34390  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  41.2 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.020452  normal  0.455482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.830254  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
275 aa  198  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.462613  normal  0.281344 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2705  mannitol ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
277 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00559467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2638  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.68 
 
 
276 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.269935  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2438  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.85 
 
 
277 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179424  hitchhiker  0.00104394 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.97 
 
 
278 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
286 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
284 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
274 aa  191  1e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27380  mannitol ABC transporter permease protein  37.96 
 
 
277 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
276 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0121396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
274 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
273 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
277 aa  186  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
288 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
289 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.023138  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
289 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.820737  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
289 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0617645 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
273 aa  180  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
272 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.598675  normal  0.72838 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
273 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.12262  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
282 aa  178  8e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
276 aa  178  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.898693  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
274 aa  178  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.721908  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
288 aa  178  9e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  38.17 
 
 
275 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
275 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  38.55 
 
 
275 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.14 
 
 
298 aa  175  6e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
277 aa  175  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
276 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
276 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  41.13 
 
 
282 aa  175  9e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
277 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.194012 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
273 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.136412  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4118  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.19 
 
 
276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.402616  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.746379  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
276 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.979947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
289 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.872391  normal  0.176709 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
287 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
276 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.148301 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
305 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
285 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
276 aa  170  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.576524 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  170  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.402827 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1177  ABC transporter permease  38.11 
 
 
274 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00800184  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  37.21 
 
 
278 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
275 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
292 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
288 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
285 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.104889  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3067  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.33 
 
 
279 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533194  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
293 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
279 aa  169  5e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
276 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.11102  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
295 aa  168  7e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
276 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00520375  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.85 
 
 
280 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
281 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
306 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
274 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.612527  normal  0.65761 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
279 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.961495  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
278 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
277 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
317 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0093  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  36.65 
 
 
276 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.121482  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
317 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0917  putative ABC transporter, permease protein  36.61 
 
 
276 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524726  normal  0.693648 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1204  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
267 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.286919  normal  0.719506 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
276 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.350375 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
276 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188981  normal  0.648438 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
273 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.835113  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
277 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
273 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0787233  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
280 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3227  putative sugar ABC transporter, permease protein  37.18 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0108394  normal  0.705578 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
319 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
275 aa  166  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3569  ABC transporter membrane spanning protein (sorbitol/mannitol)  36.25 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.550263  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3049  transmembrane ABC transporter protein  34.88 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0698875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  39.25 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>