More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3350 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
274 aa  542  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.610127  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
311 aa  238  9e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0143225  normal  0.0966984 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
288 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0547171 
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0549  ABC-type sugar / sn-glycerol-3-phosphate transport system permease protein ugpE  39.02 
 
 
272 aa  186  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 
280 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
299 aa  183  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
287 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141396  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.31 
 
 
271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
322 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171707  normal  0.684803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
316 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
276 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
274 aa  176  4e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
283 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.0828938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2192  putative sugar ABC transporter, permease protein  40.68 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00655693  normal  0.897951 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
275 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0563997  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
288 aa  172  5e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
275 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
275 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
275 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2170  carbohydrate ABC transporter permease  36.6 
 
 
275 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0148377  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
269 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.489917  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
273 aa  169  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2084  carbohydrate ABC transporter permease  36.6 
 
 
275 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03720  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.41 
 
 
298 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.652933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  45.09 
 
 
275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0542318  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
283 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3142  sugar ABC transporter  33.33 
 
 
275 aa  165  9e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.367291  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
275 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.313337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3582  hypothetical protein  35.85 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.928396  normal  0.804079 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
306 aa  161  9e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
288 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
278 aa  159  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00136246  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0956  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
278 aa  159  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1329  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
279 aa  159  4e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
277 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
285 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  33.08 
 
 
292 aa  158  8e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0306  sugar ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
275 aa  157  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.147324  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
289 aa  157  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.062951  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
285 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
277 aa  157  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.062682  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
286 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
283 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000450076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.85 
 
 
316 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.523457 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
279 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.305839  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
275 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.667129  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
253 aa  156  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
307 aa  157  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.151676  hitchhiker  0.00569855 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
295 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
276 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.621344  normal  0.190746 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
311 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.736814  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
281 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1103  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.25 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.216355  normal  0.105298 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
277 aa  155  7e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.230637  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
283 aa  155  8e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.586722  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
271 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  0.0825161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
277 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.31192  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5701  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
278 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
293 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
293 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0887  sugar ABC transporter, permease protein  39.08 
 
 
280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453961  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4134  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.94 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.947348 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
271 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0761213  normal  0.695628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
275 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
279 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424252  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  38.2 
 
 
274 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
281 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05730  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.11 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.177084  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
305 aa  152  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
292 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.445244 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4156  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.81 
 
 
286 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04600  ABC-type sugar transport system, permease component  34.56 
 
 
295 aa  152  8e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.539803  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
276 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.776984  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
276 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23830  ABC-type sugar transport system, permease component  34.63 
 
 
303 aa  151  1e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
278 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
277 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
317 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.568723  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02950  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.92 
 
 
297 aa  150  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
280 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.622209  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.09 
 
 
289 aa  149  3e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.94 
 
 
282 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
283 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000390677  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0760  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.59 
 
 
280 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0312496  normal  0.789995 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1884  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.12 
 
 
278 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.683331 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
317 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.443713  normal  0.627473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>