70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0185 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0185  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  670    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.001088  hitchhiker  0.00158714 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4292  hypothetical protein  44.92 
 
 		 346 aa  316  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000159214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0240  hypothetical protein  43.03 
 
 		 323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655032  unclonable  0.00000986847 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0226  hypothetical protein  41.23 
 
 		 334 aa  261  8e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00330504  unclonable  0.0000000000368394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4029  hypothetical protein  40.56 
 
 		 335 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000132431 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0226  hypothetical protein  41.18 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465216  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0223  hypothetical protein  39.94 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.016326  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0226  hypothetical protein  41.03 
 
 		 334 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.276636  unclonable  0.0000000000664579 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1972  ABC-type sugar transport system, ATPase component  35.19 
 
 		 327 aa  220  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2242  ABC-type sugar transport system, ATPase component  32.2 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.883612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1017  hypothetical protein  34.49 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2622  hypothetical protein  32.57 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.161773  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  27.46 
 
 		 775 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0180  hypothetical protein  24.61 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.570088  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  28.13 
 
 		 581 aa  99.8  6e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  27.15 
 
 		 544 aa  95.1  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001950  sensory box/GGDEF family protein  25.62 
 
 		 1041 aa  89  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  27.8 
 
 		 835 aa  86.3  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 		 1019 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0273  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 		 917 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.161492 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  26.54 
 
 		 758 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  27.41 
 
 		 988 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3021  hypothetical protein  26.25 
 
 		 401 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1140  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  22.95 
 
 		 334 aa  79.7  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1244  hypothetical protein  25.47 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00881206 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00528  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1049 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 		 898 aa  77  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 962 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  23.64 
 
 		 882 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.18 
 
 		 1191 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.59 
 
 		 833 aa  73.9  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 		 1151 aa  72.4  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.35 
 
 		 856 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  25.42 
 
 		 580 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.31 
 
 		 1140 aa  70.5  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.24 
 
 		 1121 aa  70.5  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0591  putative membrane associated signaling protein  27.06 
 
 		 596 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2138  metal dependent phosphohydrolase  24.04 
 
 		 606 aa  70.1  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.258694  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 		 1309 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.3 
 
 		 916 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1141  hypothetical protein  23.16 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1831  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.12 
 
 		 793 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.836817  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3101  hypothetical protein  25.48 
 
 		 757 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.44 
 
 		 1054 aa  67  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.22 
 
 		 1101 aa  65.9  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1870  histidine kinase  22.81 
 
 		 779 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  22.36 
 
 		 794 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.08 
 
 		 842 aa  65.1  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0198  pentapeptide repeat-containing protein  24.16 
 
 		 862 aa  64.7  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.726788  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2568  hypothetical protein  22.68 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 		 802 aa  62.8  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 		 1246 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  29.07 
 
 		 947 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1570  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.89 
 
 		 1039 aa  57  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.184468  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  24.45 
 
 		 774 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  25.77 
 
 		 1063 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  25.24 
 
 		 785 aa  55.1  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.87 
 
 		 981 aa  53.5  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.29 
 
 		 918 aa  52  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161625  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0053  two component sensor histidine kinase  22.15 
 
 		 867 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1179  ATP-binding region ATPase domain protein  23.31 
 
 		 740 aa  52  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.37 
 
 		 1050 aa  50.8  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  22.9 
 
 		 822 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2005  ATP-binding region ATPase domain protein  25 
 
 		 617 aa  48.9  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.144674  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0258  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  24.55 
 
 		 347 aa  46.2  0.0007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000182856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.79 
 
 		 954 aa  45.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1583  hypothetical protein  24.77 
 
 		 315 aa  45.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.295822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  26.19 
 
 		 1154 aa  44.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2569  hypothetical protein  27.78 
 
 		 348 aa  43.5  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1057  hypothetical protein  24.54 
 
 		 725 aa  42.7  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>