More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1622 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2519  histidine kinase  71.55 
 
 		 728 aa  1087    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3981  sensor histidine kinase  50.95 
 
 		 738 aa  722    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2192  sensor histidine kinase  70.49 
 
 		 687 aa  1013    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1874  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.47 
 
 		 722 aa  1058    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1826  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.61 
 
 		 722 aa  1055    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.856072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3919  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  48.76 
 
 		 750 aa  738    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.681981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2121  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  71.65 
 
 		 725 aa  1091    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.355217  normal  0.132598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03558  putative sensor histidine kinase  47.33 
 
 		 722 aa  703    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2203  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  71.45 
 
 		 719 aa  1072    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2280  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  71.45 
 
 		 719 aa  1074    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.372267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1622  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 723 aa  1496    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  71.45 
 
 		 719 aa  1068    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  72.22 
 
 		 723 aa  1089    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2413  ATPase domain-containing protein  71.45 
 
 		 719 aa  1073    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0954524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2006  sensor histidine kinase  66.48 
 
 		 719 aa  1001    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2451  histidine kinase  70.47 
 
 		 722 aa  1058    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0542472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.96 
 
 		 738 aa  1090    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.33918  normal  0.73238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1839  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.61 
 
 		 722 aa  1059    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1015  sensor histidine kinase  30.1 
 
 		 690 aa  274  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3686  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 		 678 aa  210  6e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1202  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 		 519 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.868764  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2048  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1178  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 		 616 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.375911  normal  0.307553 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1237  ATPase domain-containing protein  28.35 
 
 		 616 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1399  histidine kinase  28.35 
 
 		 616 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.216663  normal  0.406832 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 578 aa  122  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.542862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0211  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 		 572 aa  122  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0045  two-component sensor histidine kinase protein  26.58 
 
 		 590 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1976  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 		 592 aa  118  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 		 601 aa  117  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2440  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 		 577 aa  115  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.361958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 		 597 aa  115  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0401  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 529 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0202652  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2564  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 		 550 aa  114  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.754787  normal  0.709441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3423  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 		 564 aa  114  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0561308  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0315  histidine kinase  26.57 
 
 		 572 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1682  two-component sensor histidine kinase  26.57 
 
 		 572 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4629  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 559 aa  112  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 		 615 aa  112  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 		 605 aa  111  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12841  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5434  histidine kinase  28.15 
 
 		 605 aa  111  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.212441  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0537  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 		 574 aa  110  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2011  putative sensor histidine kinase BvrS  26.23 
 
 		 589 aa  108  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2091  sensor histidine kinase BvrS, putative  25.84 
 
 		 601 aa  106  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0347  Signal transduction histidine kinase  24.3 
 
 		 611 aa  105  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3968  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 		 596 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.948253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0075  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 540 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4295  histidine kinase  24.73 
 
 		 596 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2906  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.61 
 
 		 525 aa  102  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.44 
 
 		 607 aa  102  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2740  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 627 aa  101  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 		 589 aa  101  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7368  signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 605 aa  100  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.389172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0368  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.79 
 
 		 563 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0162025 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1333  sensor histidine kinase BvrS  27.1 
 
 		 607 aa  98.6  4e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.642449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0360  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.06 
 
 		 581 aa  97.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340361  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 611 aa  96.3  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0375883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0464  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.6 
 
 		 599 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.927229  normal  0.192666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2846  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 		 602 aa  95.9  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.541285 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 		 614 aa  95.5  3e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.899415  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 465 aa  95.1  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.883894 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3304  sensor histidine kinase BaeS  25.64 
 
 		 514 aa  93.2  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2798  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 490 aa  94  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000774606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1550  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.55 
 
 		 1162 aa  92  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1664  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.89 
 
 		 633 aa  90.5  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0956689  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.84 
 
 		 614 aa  90.5  9e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0129  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.34 
 
 		 465 aa  90.1  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00105437  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.06 
 
 		 613 aa  90.1  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1737  histidine kinase  26.89 
 
 		 633 aa  89.7  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181813  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1993  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.2 
 
 		 476 aa  89.7  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.572616  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0596  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.05 
 
 		 566 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1460  histidine kinase  26.05 
 
 		 328 aa  89  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.530686  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2657  sensory histidine kinase CreC  25.21 
 
 		 475 aa  89  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.185793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  26.51 
 
 		 465 aa  88.6  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 442 aa  88.2  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.12 
 
 		 639 aa  87.8  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0594  sensor histidine kinase/response regulator  24.65 
 
 		 391 aa  87.4  7e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3749  histidine kinase  25.65 
 
 		 405 aa  87  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0957761  normal  0.0728761 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2210  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.09 
 
 		 633 aa  86.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00664902  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 		 445 aa  87  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 		 455 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  26.23 
 
 		 456 aa  87  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  23.71 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0560  sensory histidine kinase CreC  23.74 
 
 		 474 aa  86.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1883  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.43 
 
 		 549 aa  85.5  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0320  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 552 aa  85.5  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1498  heavy metal sensor kinase  26.12 
 
 		 459 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.31 
 
 		 470 aa  85.1  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000145863  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1565  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 543 aa  85.1  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.379725  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4320  histidine kinase  23.37 
 
 		 518 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0320579 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4210  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.37 
 
 		 518 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0106036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.177188 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1337  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 		 562 aa  84.7  0.000000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000280494  hitchhiker  0.000000000000157693 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0361  two component sensor histidine kinase  25.1 
 
 		 480 aa  84  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 628 aa  84  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 		 446 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 		 484 aa  83.2  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.427807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.47 
 
 		 425 aa  83.6  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  25.48 
 
 		 449 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>