More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0772 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  100 
 
 		 456 aa  925    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  89.04 
 
 		 455 aa  829    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  58.73 
 
 		 442 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  58.04 
 
 		 449 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.61 
 
 		 449 aa  511  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  57.61 
 
 		 449 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  57.69 
 
 		 465 aa  508  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  58 
 
 		 480 aa  511  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 445 aa  240  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  43.77 
 
 		 381 aa  230  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  43.18 
 
 		 412 aa  226  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 		 459 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  31.73 
 
 		 429 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  40.51 
 
 		 452 aa  207  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 		 421 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.69 
 
 		 389 aa  202  9e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 		 419 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 469 aa  200  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7490  Signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 423 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  29.18 
 
 		 455 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6144  Signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  33.05 
 
 		 416 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  28.97 
 
 		 455 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  37.88 
 
 		 453 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  30.57 
 
 		 458 aa  183  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 		 458 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 		 454 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03089  two-component transmembrane sensor kinase transcription regulator protein  35.98 
 
 		 365 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.435396 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 		 458 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 		 449 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  35.28 
 
 		 449 aa  179  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2971  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.01 
 
 		 362 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0747597 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  36.69 
 
 		 449 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 		 467 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  38.65 
 
 		 472 aa  172  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 455 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  0.00000000404182 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 		 439 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 449 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 446 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  0.0000182562 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 		 455 aa  167  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00536  putative sensor histidine kinase protein  38.78 
 
 		 453 aa  167  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 		 457 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2302  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 		 450 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0020202  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00937  sensor histidine kinase  28.51 
 
 		 458 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000560614  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  29.6 
 
 		 465 aa  164  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 440 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000009971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  33.98 
 
 		 458 aa  162  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.06 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000534801  unclonable  0.0000000336351 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 		 446 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06113  histidine kinase  32.09 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  36.22 
 
 		 471 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 		 466 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 		 445 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  34.01 
 
 		 457 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.98 
 
 		 446 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4580  sensor protein PfeS  37.04 
 
 		 446 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 		 446 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1920  putative two-component sensor  35.74 
 
 		 445 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 454 aa  153  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22730  putative two-component sensor  35.38 
 
 		 445 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.172157  normal  0.0503129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  34.52 
 
 		 450 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  32.16 
 
 		 468 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000850  probable two-component system sensor kinase  33.55 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52240  two-component sensor  35.79 
 
 		 445 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.332832 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  33.92 
 
 		 449 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2798  two-component sensor protein  32.79 
 
 		 462 aa  146  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.1676  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 		 570 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3851  two-component sensor protein  35.04 
 
 		 456 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257653  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 448 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1652  sensor histidine kinase  29.3 
 
 		 458 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736934  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4220  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.8 
 
 		 472 aa  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345357  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  31.23 
 
 		 471 aa  143  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  27.86 
 
 		 446 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4065  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 		 463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0135  two-component sensor protein  34.69 
 
 		 456 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4034  two-component sensor protein  35.87 
 
 		 456 aa  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0127  two-component sensor protein  34.32 
 
 		 456 aa  139  7e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.581229  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0317  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.42 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0477765  normal  0.138289 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2265  two-component sensor protein  33.09 
 
 		 464 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000076955  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 449 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37040  sensory histidine protein kinase, two component  34.22 
 
 		 443 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.550956  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877162  hitchhiker  0.000367617 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  30.72 
 
 		 461 aa  136  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4811  two-component sensor protein  35.29 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1214  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 463 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  33.21 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000360495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  33.21 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  33.21 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  33.21 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  33.21 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4061  two-component sensor protein  32.85 
 
 		 457 aa  134  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000114618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0792  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 		 476 aa  133  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0106036 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  32.12 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>