More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4685 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4685  proline/betaine transporter  100 
 
 		 261 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4545  proline/glycine betaine transporter  90.27 
 
 		 500 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4636  proline/glycine betaine transporter  90.81 
 
 		 500 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4636  proline/glycine betaine transporter  90.81 
 
 		 500 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4552  proline/glycine betaine transporter  90.81 
 
 		 500 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03982  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3881  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5624  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4576  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03943  hypothetical protein  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3916  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4351  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  319  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4665  proline/glycine betaine transporter  84.86 
 
 		 500 aa  319  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0315  proline/glycine betaine transporter  81.08 
 
 		 500 aa  301  7.000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0135583 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2112  proline/glycine betaine transporter  73.91 
 
 		 500 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2777  proline/glycine betaine transporter  72.28 
 
 		 500 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.426081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2869  proline/glycine betaine transporter  73.37 
 
 		 500 aa  275  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2914  proline/glycine betaine transporter  71.74 
 
 		 500 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.839203 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1420  proline/glycine betaine transporter  69.02 
 
 		 500 aa  265  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00160587  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2780  proline/glycine betaine transporter  71.04 
 
 		 501 aa  263  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1860  proline/glycine betaine transporter  70.11 
 
 		 500 aa  248  6e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1159  general substrate transporter  45.4 
 
 		 493 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.95972  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1253  general substrate transporter  45.29 
 
 		 496 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.425201  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1509  major facilitator superfamily proline/betaine transporter  42.86 
 
 		 503 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2625  General substrate transporter  43.64 
 
 		 503 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.994681 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5889  general substrate transporter  42.42 
 
 		 489 aa  135  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6155  general substrate transporter  42.42 
 
 		 531 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5978  general substrate transporter  44.94 
 
 		 552 aa  135  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0713244 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2038  general substrate transporter  46.95 
 
 		 527 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7406  major facilitator transporter  43.21 
 
 		 489 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5997  general substrate transporter  43.64 
 
 		 489 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4424  major facilitator transporter  45 
 
 		 495 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6488  general substrate transporter  43.64 
 
 		 489 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.932771 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5632  general substrate transporter  43.64 
 
 		 489 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1596  putative proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 628 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1171  general substrate transporter  45.51 
 
 		 491 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0956509  normal  0.0980355 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2793  proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 626 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1281  general substrate transporter  44.71 
 
 		 496 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0545029  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0600  proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 534 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.175183  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1492  putative proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 534 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2178  General substrate transporter  53.57 
 
 		 495 aa  132  7.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0760  proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 495 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0553  proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 495 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1270  proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 495 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0643397  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1462  putative proline/betaine transporter  48.15 
 
 		 495 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0800  general substrate transporter  44.71 
 
 		 452 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03444  proline-betaine transporter  48.99 
 
 		 214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5572  general substrate transporter  48.25 
 
 		 488 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1491  general substrate transporter  51.4 
 
 		 489 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.156712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4939  General substrate transporter  44.85 
 
 		 493 aa  123  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.506822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03443  proline/betaine transporter  60.47 
 
 		 191 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0291  general substrate transporter  37.08 
 
 		 530 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0518  General substrate transporter  36.81 
 
 		 526 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1559  major facilitator transporter  42.72 
 
 		 454 aa  105  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.956191  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3055  major facilitator family transporter  38.27 
 
 		 485 aa  105  7e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3056  major facilitator superfamily protein superfamily  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.150401  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2807  major facilitator family transporter  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2757  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000489566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2738  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3020  major facilitator family transporter  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3017  major facilitator family transporter  38.27 
 
 		 485 aa  105  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.352179 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3018  major facilitator family transporter  38.27 
 
 		 485 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2818  general substrate transporter  38.89 
 
 		 483 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.139895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2222  major facilitator family transporter  36.36 
 
 		 485 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000297213 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1065  major facilitator superfamily MFS_1  41.38 
 
 		 502 aa  102  4e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1453  general substrate transporter  37.74 
 
 		 482 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0358051  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0223  major facilitator family transporter  32.34 
 
 		 464 aa  98.6  8e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0610  major facilitator transporter  38.46 
 
 		 466 aa  98.6  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0596  major facilitator transporter  38.46 
 
 		 466 aa  98.6  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4580  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 434 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2045  major facilitator transporter  44.44 
 
 		 445 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.817358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1914  major facilitator transporter  43.43 
 
 		 445 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.197879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2166  General substrate transporter  48.28 
 
 		 495 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.734209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2411  major facilitator family transporter  43.43 
 
 		 445 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.421854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3284  major facilitator transporter  43.43 
 
 		 445 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703744  normal  0.714733 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0983  General substrate transporter  42.54 
 
 		 481 aa  92  9e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.359093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1677  major facilitator transporter  45.79 
 
 		 445 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119827  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3801  major facilitator family transporter  45.54 
 
 		 445 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1103  major facilitator transporter  41.18 
 
 		 452 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1958  general substrate transporter  47.42 
 
 		 441 aa  90.5  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5260  major facilitator transporter  42.06 
 
 		 448 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0336827  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3438  major facilitator transporter  42.06 
 
 		 448 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0952  General substrate transporter  50.59 
 
 		 430 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3928  general substrate transporter  32.87 
 
 		 460 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.721766  normal  0.0801744 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3913  general substrate transporter  32.87 
 
 		 460 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.231848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3987  general substrate transporter  32.87 
 
 		 460 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.854326  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1521  major facilitator family transporter  49.33 
 
 		 448 aa  89.4  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.537503  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0953  general substrate transporter  36.11 
 
 		 458 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.260148 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18730  arabinose efflux permease family protein  39.58 
 
 		 480 aa  87.8  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.635364  normal  0.19264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2381  general substrate transporter  31.7 
 
 		 439 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.841245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0069  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  44.68 
 
 		 445 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.085509  hitchhiker  0.00969207 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32150  arabinose efflux permease family protein  41.58 
 
 		 467 aa  88.2  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.426648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1753  major facilitator transporter  46.81 
 
 		 463 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.945556  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3414  major facilitator superfamily MFS_1  45.78 
 
 		 438 aa  87  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4433  amino acid MFS transporter  45.16 
 
 		 450 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3304  General substrate transporter  38.46 
 
 		 456 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3026  shikimate transporter  42.55 
 
 		 440 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.20137  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5748  general substrate transporter  40.65 
 
 		 441 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0467  general substrate transporter  47.52 
 
 		 434 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000495817  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1907  general substrate transporter  42.86 
 
 		 454 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0522136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>