More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1721 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1721  transcriptional regulator, GntR family protein  100 
 
 		 97 aa  194  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  177  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 221 aa  177  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  177  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  98.88 
 
 		 221 aa  176  8e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  98.86 
 
 		 221 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  98.86 
 
 		 221 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  175  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  94.25 
 
 		 221 aa  166  9e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.53 
 
 		 221 aa  128  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.53 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.53 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.53 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  72.53 
 
 		 221 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  64.37 
 
 		 219 aa  106  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  60.22 
 
 		 222 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 237 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  43.02 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 248 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  39.53 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  36.46 
 
 		 226 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  41.77 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  37.08 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  35.96 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 251 aa  54.7  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 235 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 234 aa  53.9  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 225 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 236 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  39.51 
 
 		 218 aa  52.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 226 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 239 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  37.08 
 
 		 240 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 235 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 236 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  37.97 
 
 		 221 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 266 aa  51.2  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 244 aa  50.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  36.05 
 
 		 227 aa  50.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 248 aa  50.8  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 239 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 238 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 280 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 233 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 235 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 231 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 221 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  37.35 
 
 		 243 aa  50.1  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 284 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 211 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 233 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  42.67 
 
 		 222 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 222 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 211 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 245 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 229 aa  50.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 211 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 229 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 222 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 		 238 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 218 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 238 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.91 
 
 		 226 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 241 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 214 aa  48.9  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 214 aa  48.9  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  41.33 
 
 		 231 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 		 243 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  37.97 
 
 		 223 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 233 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 225 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 245 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 254 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 227 aa  48.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  38.57 
 
 		 236 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 229 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 222 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 243 aa  48.1  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  39.76 
 
 		 246 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 224 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 216 aa  48.1  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2389  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 213 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3134  regulatory protein GntR HTH  30.86 
 
 		 238 aa  48.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.998254  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 228 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4720  transcriptional regulator, GntR family  35.37 
 
 		 223 aa  47.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 262 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 		 223 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>