47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1077 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1077  collagenase  100 
 
 		 301 aa  634    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000014464  normal  0.459952 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2743  collagenase  66.32 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.981604  hitchhiker  0.0000597817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3300  collagenase  65.72 
 
 		 294 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000170282  decreased coverage  0.0000000275437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3449  collagenase  67.38 
 
 		 292 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.649774  hitchhiker  0.000527325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2966  collagenase  64.06 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.194174  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1458  collagenase  55.19 
 
 		 322 aa  348  9e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446603  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0639  collagenase family protein  43.75 
 
 		 1037 aa  231  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003663  microbial collagenase secreted  44.12 
 
 		 814 aa  229  6e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0648  collagenase  42.7 
 
 		 1005 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000132044  unclonable  0.0000000383591 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0653  Microbial collagenase  43.01 
 
 		 1041 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3732  collagenase  43.01 
 
 		 1041 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0657  collagenase  42.65 
 
 		 1070 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0630  collagenase  42.65 
 
 		 1070 aa  224  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3516  Microbial collagenase  39.86 
 
 		 852 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2754  collagenase  39.47 
 
 		 972 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2419  peptidase  39.39 
 
 		 602 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337269  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0694  putative collagenase  39.39 
 
 		 632 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.117227  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0773  putative collagenase  39.39 
 
 		 647 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1736  putative collagenase  39.39 
 
 		 645 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1216  collagenase  39.39 
 
 		 645 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000787421  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1142  collagenase  39.39 
 
 		 647 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1685  collagenase  39.7 
 
 		 968 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000629981  unclonable  0.00000468189 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01786  hypothetical protein  40.68 
 
 		 785 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2237  collagenase  38.75 
 
 		 667 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3732  collagenase  37.79 
 
 		 603 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00527905  hitchhiker  0.00286894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0042  collagenase  40.07 
 
 		 587 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53761  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1578  collagenase, putative  37.45 
 
 		 602 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.285851  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0988  collagenase  37.12 
 
 		 661 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244986  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0900  collagenase  37.12 
 
 		 645 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2230  peptidase  36.7 
 
 		 605 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596045  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0039  collagenase  40.3 
 
 		 590 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000449009  normal  0.0513701 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001372  microbial collagenase secreted  40.62 
 
 		 808 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00032964  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6876  collagenase  37.08 
 
 		 658 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000000039324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2903  Microbial collagenase  39.62 
 
 		 632 aa  194  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.439593 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1256  collagenase  38.32 
 
 		 539 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000029967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1517  collagenase  36.24 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000383276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0035  collagenase  37.55 
 
 		 519 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7152  Peptidase M9A collagenase domain protein  34.34 
 
 		 855 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.766617  normal  0.500432 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0616  Microbial collagenase  32.05 
 
 		 787 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00460764  normal  0.253983 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1418  hypothetical protein  24.89 
 
 		 552 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0422281  normal  0.0166788 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0166  collagenase  25 
 
 		 1104 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0162  collagenase  25 
 
 		 1104 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0145  collagenase  21.76 
 
 		 960 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3299  collagenase  20.93 
 
 		 960 aa  46.2  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.675823  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1697  peptidase M9A collagenase domain-containing protein  29.33 
 
 		 554 aa  46.2  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.367258  hitchhiker  0.00906719 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3060  collagenase  20.93 
 
 		 960 aa  46.2  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0837435  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3229  collagenase  21.76 
 
 		 971 aa  42.7  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>