41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3300 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3300  collagenase  100 
 
 		 294 aa  624  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000170282  decreased coverage  0.0000000275437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3449  collagenase  74.74 
 
 		 292 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.649774  hitchhiker  0.000527325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2743  collagenase  77.32 
 
 		 293 aa  472  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.981604  hitchhiker  0.0000597817 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2966  collagenase  70.75 
 
 		 304 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.194174  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1077  collagenase  65.48 
 
 		 301 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000014464  normal  0.459952 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1458  collagenase  53.87 
 
 		 322 aa  332  6e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446603  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0648  collagenase  43.23 
 
 		 1005 aa  225  9e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000132044  unclonable  0.0000000383591 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1685  collagenase  42.7 
 
 		 968 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000629981  unclonable  0.00000468189 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003663  microbial collagenase secreted  41.79 
 
 		 814 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0639  collagenase family protein  41 
 
 		 1037 aa  210  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0657  collagenase  40.98 
 
 		 1070 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0653  Microbial collagenase  40.98 
 
 		 1041 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3732  collagenase  40.98 
 
 		 1041 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0630  collagenase  40.98 
 
 		 1070 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2754  collagenase  40.75 
 
 		 972 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3516  Microbial collagenase  39.41 
 
 		 852 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2903  Microbial collagenase  40.67 
 
 		 632 aa  192  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.439593 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2230  peptidase  36.09 
 
 		 605 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596045  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0900  collagenase  36.09 
 
 		 645 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0988  collagenase  36.09 
 
 		 661 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244986  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1578  collagenase, putative  35.34 
 
 		 602 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.285851  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0694  putative collagenase  36.09 
 
 		 632 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.117227  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1736  putative collagenase  36.09 
 
 		 645 aa  186  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0773  putative collagenase  36.09 
 
 		 647 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2419  peptidase  36.09 
 
 		 602 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337269  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1142  collagenase  36.09 
 
 		 647 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1216  collagenase  36.09 
 
 		 645 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000787421  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001372  microbial collagenase secreted  38.2 
 
 		 808 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00032964  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1517  collagenase  35.43 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000383276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2237  collagenase  36.4 
 
 		 667 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0039  collagenase  36.79 
 
 		 590 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000449009  normal  0.0513701 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6876  collagenase  34.96 
 
 		 658 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000000039324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3732  collagenase  34.4 
 
 		 603 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00527905  hitchhiker  0.00286894 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01786  hypothetical protein  37.69 
 
 		 785 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0042  collagenase  35.97 
 
 		 587 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53761  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1256  collagenase  37.08 
 
 		 539 aa  175  7e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000029967  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0035  collagenase  35.23 
 
 		 519 aa  172  9e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7152  Peptidase M9A collagenase domain protein  34.2 
 
 		 855 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.766617  normal  0.500432 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0616  Microbial collagenase  32.18 
 
 		 787 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00460764  normal  0.253983 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5655  collagenase  22.22 
 
 		 878 aa  46.6  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.123468 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3027  microbial collagenase  22.12 
 
 		 878 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>