70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0039 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3732  collagenase  60.5 
 
 		 603 aa  773    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00527905  hitchhiker  0.00286894 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0039  collagenase  100 
 
 		 590 aa  1224    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000449009  normal  0.0513701 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0035  collagenase  70.87 
 
 		 519 aa  773    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0042  collagenase  70.78 
 
 		 587 aa  886    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53761  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2237  collagenase  39.93 
 
 		 667 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971967  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1517  collagenase  45.25 
 
 		 313 aa  273  7e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000383276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2754  collagenase  41.57 
 
 		 972 aa  230  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003663  microbial collagenase secreted  37.43 
 
 		 814 aa  217  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0648  collagenase  42.58 
 
 		 1005 aa  210  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000132044  unclonable  0.0000000383591 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0988  collagenase  38.55 
 
 		 661 aa  209  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3732  collagenase  39.33 
 
 		 1041 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0630  collagenase  39.33 
 
 		 1070 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0653  Microbial collagenase  39.33 
 
 		 1041 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2230  peptidase  38.55 
 
 		 605 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596045  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0900  collagenase  38.55 
 
 		 645 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0657  collagenase  39.33 
 
 		 1070 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1685  collagenase  47.69 
 
 		 968 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000629981  unclonable  0.00000468189 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0639  collagenase family protein  38.68 
 
 		 1037 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6876  collagenase  37.8 
 
 		 658 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000000039324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1736  putative collagenase  38.21 
 
 		 645 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0694  putative collagenase  38.21 
 
 		 632 aa  200  7.999999999999999e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.117227  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0773  putative collagenase  38.21 
 
 		 647 aa  199  9e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1142  collagenase  38.21 
 
 		 647 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2419  peptidase  38.21 
 
 		 602 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337269  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1216  collagenase  38.21 
 
 		 645 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000787421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1578  collagenase, putative  37.8 
 
 		 602 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.285851  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2903  Microbial collagenase  40.8 
 
 		 632 aa  196  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.439593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1077  collagenase  40.3 
 
 		 301 aa  195  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000014464  normal  0.459952 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3516  Microbial collagenase  40.35 
 
 		 852 aa  193  9e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3449  collagenase  39.18 
 
 		 292 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.649774  hitchhiker  0.000527325 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2743  collagenase  40.07 
 
 		 293 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.981604  hitchhiker  0.0000597817 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2966  collagenase  40.96 
 
 		 304 aa  188  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.194174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3300  collagenase  36.79 
 
 		 294 aa  183  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000170282  decreased coverage  0.0000000275437 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1458  collagenase  36.07 
 
 		 322 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446603  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1256  collagenase  37.45 
 
 		 539 aa  174  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000029967  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001372  microbial collagenase secreted  38.25 
 
 		 808 aa  169  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00032964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01786  hypothetical protein  37.65 
 
 		 785 aa  167  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7152  Peptidase M9A collagenase domain protein  34.66 
 
 		 855 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.766617  normal  0.500432 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0616  Microbial collagenase  28.4 
 
 		 787 aa  115  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00460764  normal  0.253983 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0166  collagenase  23.73 
 
 		 1104 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0162  collagenase  23.73 
 
 		 1104 aa  72.8  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3539  collagenase, putative  22.45 
 
 		 971 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3584  collagenase  26.67 
 
 		 971 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629747  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3286  collagenase  26.67 
 
 		 971 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238892  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3538  putative microbial collagenase  26.67 
 
 		 971 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.60161e-19 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3323  collagenase  26.67 
 
 		 971 aa  67.4  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3238  collagenase  26.67 
 
 		 1018 aa  67  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3229  collagenase  22.82 
 
 		 971 aa  66.6  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3542  putative microbial collagenase  22 
 
 		 971 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3636  putative microbial collagenase  22.82 
 
 		 971 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0047  hypothetical protein  41.89 
 
 		 88 aa  64.7  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.686583  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1680  putative microbial collagenase  22.59 
 
 		 971 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0340823  hitchhiker  1.3122e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0591  putative microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129925  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0145  collagenase  22.71 
 
 		 960 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4748  putative microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.369378 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0468  collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  60.8  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0611  putative microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0466  microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  60.8  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0466  microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0113001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0616  collagenase,putative  26.02 
 
 		 965 aa  60.8  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0684  putative microbial collagenase  26.02 
 
 		 965 aa  60.5  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000922762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0523  collagenase,putative  26.02 
 
 		 965 aa  60.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.415307  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0555  collagenase,putative  26.02 
 
 		 965 aa  60.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3027  microbial collagenase  20.62 
 
 		 878 aa  58.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2821  collagenase  25.13 
 
 		 878 aa  57.8  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.342528  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3060  collagenase  22.41 
 
 		 960 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0837435  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3299  collagenase  22.41 
 
 		 960 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.675823  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0486  collagenase  26.2 
 
 		 967 aa  56.6  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.008095  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5655  collagenase  26.63 
 
 		 878 aa  52.8  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.123468 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1418  hypothetical protein  23.12 
 
 		 552 aa  49.7  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0422281  normal  0.0166788 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>