More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3999 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3999  sensor histidine kinase  100 
 
 
310 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  56.19 
 
 
524 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  55.85 
 
 
524 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0481  response regulator receiver protein  55.52 
 
 
523 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2855  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
348 aa  170  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
589 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1030  histidine kinase  30.49 
 
 
261 aa  96.7  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.975788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0136  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
665 aa  95.9  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2278  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
357 aa  95.9  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.530752  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5118  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.14 
 
 
837 aa  89  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.657918 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5387  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.37 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0971839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1219  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.04 
 
 
375 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.745377  normal  0.599724 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.6 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  24.67 
 
 
544 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2715  sensor histidine kinase/response regulator  22.94 
 
 
393 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4207  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.11 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.728065 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3251  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.35487  normal  0.0265543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2448  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  22.02 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.760608  hitchhiker  0.00120668 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1740  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.81 
 
 
377 aa  73.6  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2570  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
369 aa  69.7  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.847548  normal  0.236297 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.04 
 
 
1691 aa  69.3  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0500  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 
373 aa  68.9  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  21.38 
 
 
392 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.287383  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1422  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 
361 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4611  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
1002 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367657 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5356  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  20.75 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.940445 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4555  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.58 
 
 
406 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.330139  normal  0.677797 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4234  histidine kinase  26.55 
 
 
828 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3993  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 
390 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.967169  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0629  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.67365  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4296  CBS sensor hybrid histidine kinase  26.55 
 
 
851 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.277428 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4166  response regulator  25.83 
 
 
508 aa  67.4  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
798 aa  67  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4249  ATP-binding region ATPase domain protein  21.74 
 
 
374 aa  67  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.44 
 
 
374 aa  66.2  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4726  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.84 
 
 
368 aa  66.2  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0585  ATP-binding region ATPase domain protein  24.76 
 
 
528 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.215545  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2188  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  21.81 
 
 
384 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00677544 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3493  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  25.85 
 
 
867 aa  65.5  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.789076  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0650  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.62 
 
 
382 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  27.43 
 
 
745 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  20.97 
 
 
1152 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2762  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
373 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2109  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.87 
 
 
408 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.06 
 
 
376 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3616  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
393 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159723  normal  0.789101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 
396 aa  63.9  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.4 
 
 
1044 aa  63.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0713  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
867 aa  63.9  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 
383 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  26.86 
 
 
745 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 
815 aa  63.5  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
745 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
383 aa  62.8  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0804  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.48 
 
 
358 aa  62.8  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0185  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.14 
 
 
691 aa  62.8  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.483444  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1510  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 
374 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1111  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.07 
 
 
463 aa  62.8  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 
374 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1891  histidine kinase  23.81 
 
 
508 aa  62.4  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00129948  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1070  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  21.82 
 
 
402 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3758  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.51 
 
 
408 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.734482 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 
1645 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
844 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2670  histidine kinase  27.59 
 
 
352 aa  62  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
863 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1670  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 
494 aa  62  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422523 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  39.13 
 
 
449 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5073  CBS sensor hybrid histidine kinase  23.63 
 
 
1118 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.749087  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.44 
 
 
979 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  22.32 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3783  Cache sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 
708 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1455  histidine kinase  23.58 
 
 
467 aa  61.6  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00585199  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5322  histidine kinase sensor  26.86 
 
 
529 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.968492 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1171  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
601 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.764922  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3359  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.99 
 
 
395 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.361398  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2743  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  22.99 
 
 
395 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.2 
 
 
484 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1371  sensor histidine kinase  25.28 
 
 
603 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1344  sensor histidine kinase  25.28 
 
 
603 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1343  sensor histidine kinase  25.28 
 
 
603 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.830761  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2221  Signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
605 aa  60.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.763849  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1482  sensor histidine kinase  25.28 
 
 
603 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1554  sensor histidine kinase  25.28 
 
 
603 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000192618 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1033  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.41 
 
 
557 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0474  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 
759 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.453015  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1029  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 
474 aa  60.1  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1988  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.34 
 
 
435 aa  60.5  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2005  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 
408 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343751 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2145  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  21.88 
 
 
408 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001377 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1564  histidine kinase  27.17 
 
 
531 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1470  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.39 
 
 
755 aa  60.1  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.797654  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3856  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  20.85 
 
 
378 aa  60.1  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 
467 aa  59.7  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1239  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 
601 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
680 aa  59.7  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2393  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  22.83 
 
 
518 aa  59.7  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.991201  normal  0.0787545 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2951  response regulator receiver protein  44.44 
 
 
340 aa  59.7  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.129077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  24.26 
 
 
576 aa  59.7  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>