More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1247 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1247  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
197 aa  391  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0572513  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0009  hypothetical protein  52.25 
 
 
125 aa  105  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1150  hypothetical protein  47.25 
 
 
115 aa  83.2  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.416591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2338  cold-shock DNA-binding domain protein  44.79 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00428193  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
67 aa  71.2  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.56 
 
 
67 aa  71.2  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  53.85 
 
 
67 aa  70.5  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3828  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
86 aa  70.1  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  53.12 
 
 
66 aa  70.5  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
66 aa  69.3  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
67 aa  68.6  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
66 aa  67.8  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.61 
 
 
67 aa  67.4  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
418 aa  67  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  67  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
67 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.24529  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0718  cold shock DNA-binding domain-containing protein  49.21 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.79 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  51.52 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
63 aa  65.9  0.0000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.61 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
66 aa  65.9  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  50.77 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3733  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.613597  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  50.79 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
66 aa  65.1  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50.79 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 
311 aa  65.1  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0934  cold-shock DNA-binding domain protein  48.39 
 
 
84 aa  64.3  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.679655  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
66 aa  64.3  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
89 aa  64.3  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.644816  hitchhiker  0.000419725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.44 
 
 
68 aa  63.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0734  cold-shock DNA-binding domain protein  48.44 
 
 
95 aa  63.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1318  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0833029  normal  0.039104 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.18 
 
 
65 aa  63.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  50.79 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
155 aa  63.2  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  47.62 
 
 
66 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0830  cold-shock DNA-binding domain protein  47.62 
 
 
96 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
68 aa  62.8  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 
66 aa  62.8  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  48.39 
 
 
66 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.56 
 
 
92 aa  63.2  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.91 
 
 
205 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  49.21 
 
 
68 aa  62.4  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  46.77 
 
 
66 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
65 aa  62.4  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.86 
 
 
68 aa  62  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1947  Cold-shock protein DNA-binding  44.12 
 
 
68 aa  62  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711231  hitchhiker  0.00117492 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  48.44 
 
 
67 aa  62  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  46.77 
 
 
139 aa  62.4  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  48.44 
 
 
67 aa  62  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  45.31 
 
 
65 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.23 
 
 
71 aa  62  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0597  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
89 aa  62  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  49.21 
 
 
67 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.12 
 
 
69 aa  61.6  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
71 aa  61.6  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  45.31 
 
 
65 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  49.21 
 
 
67 aa  62  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
66 aa  62  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000494956  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
70 aa  62  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
69 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  48.44 
 
 
67 aa  61.6  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  48.44 
 
 
65 aa  61.6  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>