More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3660 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3660  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  100 
 
 		 438 aa  847    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.469225  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0038  sun protein  51.16 
 
 		 471 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.27971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0156  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  48.4 
 
 		 450 aa  338  8e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0031  Fmu (Sun) domain protein  47.95 
 
 		 450 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  48.05 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0197  Fmu (Sun)  47.49 
 
 		 450 aa  331  2e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0130363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0325  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.14 
 
 		 450 aa  327  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235081  normal  0.145888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0086  RNA methyltransferase  47.14 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1424  sun protein  48.17 
 
 		 448 aa  323  4e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.204434 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1326  sun protein  47.49 
 
 		 440 aa  321  9.999999999999999e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0717  Fmu (Sun)  45.43 
 
 		 450 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4779  Fmu (Sun) domain-containing protein  46.5 
 
 		 426 aa  317  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.849075  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1747  sun protein  45.17 
 
 		 465 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1814  sun protein  45.17 
 
 		 465 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.802421  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1089  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.32 
 
 		 453 aa  312  6.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0627  Fmu (Sun) domain protein  48.5 
 
 		 438 aa  307  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2071  sun protein  45.31 
 
 		 463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1027  Fmu (Sun) domain-containing protein  49.55 
 
 		 459 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537768  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3418  Fmu (Sun)  43.58 
 
 		 460 aa  290  4e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2924  Fmu (Sun) domain-containing protein  47.12 
 
 		 433 aa  286  5e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2963  Fmu (Sun) domain-containing protein  48.38 
 
 		 447 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270675  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4295  Sun protein  43.95 
 
 		 493 aa  274  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0486  Fmu (Sun) domain protein  49.74 
 
 		 454 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3033  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  47.36 
 
 		 443 aa  273  6e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0551  Fmu (Sun) domain-containing protein  49.49 
 
 		 425 aa  271  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.481855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  39.17 
 
 		 456 aa  269  8.999999999999999e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3191  Fmu (Sun) domain-containing protein  41.08 
 
 		 470 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5220  sun protein  48.62 
 
 		 448 aa  265  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02946  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3917  Fmu (Sun) domain protein  40.77 
 
 		 462 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0687458  normal  0.615707 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0089  Fmu (Sun)  43.65 
 
 		 424 aa  263  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4040  Fmu (Sun)  41.55 
 
 		 410 aa  260  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4242  Fmu (Sun) domain protein  41.03 
 
 		 460 aa  259  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198653 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2654  Fmu (Sun) domain-containing protein  52.12 
 
 		 415 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2765  Fmu (Sun) domain-containing protein  43.02 
 
 		 410 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2926  Fmu (Sun) domain-containing protein  42.29 
 
 		 422 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351382  normal  0.0315958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0522  Fmu (Sun) domain protein  47.28 
 
 		 438 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0621766  normal  0.207218 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2720  Fmu (Sun) domain-containing protein  47.42 
 
 		 535 aa  243  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.796536 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1940  Fmu (Sun) domain-containing protein  41.61 
 
 		 422 aa  233  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3096  Fmu (Sun)  41.94 
 
 		 419 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1047  Fmu (Sun)  40.64 
 
 		 437 aa  213  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.334338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6147  rRNA methyltransferase RsmB-like  39.91 
 
 		 421 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  34.53 
 
 		 435 aa  204  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  35.29 
 
 		 429 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  35.07 
 
 		 429 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  34.53 
 
 		 429 aa  203  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  34.53 
 
 		 429 aa  203  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  34.62 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  34.84 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  34.84 
 
 		 429 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  36.55 
 
 		 434 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  32.06 
 
 		 436 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  33.71 
 
 		 427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.62 
 
 		 427 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  33.79 
 
 		 428 aa  193  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  193  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00020  16S rRNA m(5)C 967 methyltransferase  32.67 
 
 		 439 aa  193  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  192  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  33.03 
 
 		 429 aa  192  9e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  32.39 
 
 		 452 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.01 
 
 		 444 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  32.8 
 
 		 429 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3045  sun protein  31.98 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1591  sun protein  33.11 
 
 		 452 aa  190  4e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0652  sun protein  32.6 
 
 		 451 aa  190  5e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  33.78 
 
 		 429 aa  189  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  30.82 
 
 		 426 aa  188  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0672  sun protein  32.39 
 
 		 451 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0363723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0682  sun protein  32.62 
 
 		 443 aa  187  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0449767  normal  0.911889 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0859  sun protein  31.03 
 
 		 452 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  31.5 
 
 		 429 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  32.44 
 
 		 431 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  31.65 
 
 		 429 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  32.5 
 
 		 431 aa  182  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  30.77 
 
 		 425 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0241  Sun protein  33.11 
 
 		 451 aa  180  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0962  sun protein  35.15 
 
 		 451 aa  180  4e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.316292  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  31.36 
 
 		 453 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3583  sun protein  34.08 
 
 		 443 aa  179  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  32.52 
 
 		 436 aa  179  5.999999999999999e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0039  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  30.57 
 
 		 462 aa  179  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  38.24 
 
 		 434 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  31.77 
 
 		 427 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  36.26 
 
 		 451 aa  178  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  31.07 
 
 		 437 aa  176  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4706  sun protein  30.57 
 
 		 446 aa  176  7e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  31.26 
 
 		 449 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04057  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  35.45 
 
 		 437 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  37.56 
 
 		 434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2869  sun protein  39.29 
 
 		 433 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  30.07 
 
 		 427 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  31.31 
 
 		 427 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0744  sun protein  29.98 
 
 		 443 aa  172  9e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.323768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  36.47 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  29.68 
 
 		 428 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1498  NusB/RsmB/TIM44  38.14 
 
 		 427 aa  172  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.791703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>