More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3033 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3033  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  100 
 
 		 443 aa  858    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.455858 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2765  Fmu (Sun) domain-containing protein  57.61 
 
 		 410 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2926  Fmu (Sun) domain-containing protein  56.5 
 
 		 422 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.351382  normal  0.0315958 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0089  Fmu (Sun)  54.74 
 
 		 424 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4040  Fmu (Sun)  52.49 
 
 		 410 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2720  Fmu (Sun) domain-containing protein  58.09 
 
 		 535 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.796536 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6147  rRNA methyltransferase RsmB-like  52.72 
 
 		 421 aa  316  7e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0156  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  44.87 
 
 		 450 aa  286  5e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.400804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3418  Fmu (Sun)  43.51 
 
 		 460 aa  281  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4779  Fmu (Sun) domain-containing protein  44.47 
 
 		 426 aa  273  5.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.849075  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0038  sun protein  45.09 
 
 		 471 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.27971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  44.14 
 
 		 450 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0325  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  43.48 
 
 		 450 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235081  normal  0.145888 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3660  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  47.61 
 
 		 438 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.469225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0086  RNA methyltransferase  42.92 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0197  Fmu (Sun)  43.15 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0130363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0031  Fmu (Sun) domain protein  43.48 
 
 		 450 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1027  Fmu (Sun) domain-containing protein  54.41 
 
 		 459 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537768  normal  0.0363239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2963  Fmu (Sun) domain-containing protein  49.08 
 
 		 447 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270675  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2924  Fmu (Sun) domain-containing protein  43.13 
 
 		 433 aa  263  4.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1326  sun protein  44.99 
 
 		 440 aa  262  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0717  Fmu (Sun)  41.99 
 
 		 450 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0486  Fmu (Sun) domain protein  47.65 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.75278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1747  sun protein  38.44 
 
 		 465 aa  257  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1089  Fmu (Sun) domain-containing protein  38.37 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1814  sun protein  38.44 
 
 		 465 aa  256  4e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.802421  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3096  Fmu (Sun)  45.5 
 
 		 419 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0551  Fmu (Sun) domain-containing protein  47.65 
 
 		 425 aa  254  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.481855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4242  Fmu (Sun) domain protein  41.56 
 
 		 460 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3917  Fmu (Sun) domain protein  39.95 
 
 		 462 aa  252  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0687458  normal  0.615707 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0522  Fmu (Sun) domain protein  49.18 
 
 		 438 aa  249  7e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0621766  normal  0.207218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5220  sun protein  45.64 
 
 		 448 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02946  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3191  Fmu (Sun) domain-containing protein  40.09 
 
 		 470 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0627  Fmu (Sun) domain protein  45.2 
 
 		 438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.114528 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1424  sun protein  41.8 
 
 		 448 aa  244  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.204434 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  37.36 
 
 		 456 aa  243  6e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2071  sun protein  40.96 
 
 		 463 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4295  Sun protein  40.94 
 
 		 493 aa  241  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1846  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2654  Fmu (Sun) domain-containing protein  51.18 
 
 		 415 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.105855  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1940  Fmu (Sun) domain-containing protein  43.33 
 
 		 422 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1047  Fmu (Sun)  41.54 
 
 		 437 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.334338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  35.56 
 
 		 452 aa  198  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0191  sun protein  33.92 
 
 		 436 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  38.01 
 
 		 431 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0015  sun protein  31.18 
 
 		 462 aa  177  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0800124 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0437  16S rRNA methyltransferase B  35.61 
 
 		 431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00150  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  40.97 
 
 		 443 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3677  16S rRNA methyltransferase B  36.3 
 
 		 429 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0354  16S rRNA methyltransferase B  34.98 
 
 		 431 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  34.62 
 
 		 429 aa  173  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3604  16S rRNA methyltransferase B  36.28 
 
 		 429 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.946908  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  32.96 
 
 		 426 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0021  sun protein  36.6 
 
 		 437 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3712  16S rRNA methyltransferase B  36.04 
 
 		 429 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.199091 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  35.1 
 
 		 433 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4513  16S rRNA methyltransferase B  36.5 
 
 		 429 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0528453  hitchhiker  0.0000468931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0033  sun protein  32.44 
 
 		 426 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0617271 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3775  16S rRNA methyltransferase B  35.8 
 
 		 429 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3605  16S rRNA methyltransferase B  36.06 
 
 		 429 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.44092 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  43.17 
 
 		 451 aa  171  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0053  sun protein  40.3 
 
 		 437 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3351  sun protein  37.57 
 
 		 443 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3720  16S rRNA methyltransferase B  35.71 
 
 		 428 aa  170  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.773777  hitchhiker  0.0077943 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2083  sun protein  36.63 
 
 		 437 aa  170  5e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  35.34 
 
 		 429 aa  169  7e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  35.18 
 
 		 429 aa  169  7e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  32.51 
 
 		 427 aa  169  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0018  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  37.44 
 
 		 434 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.577785  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3583  sun protein  38.86 
 
 		 443 aa  169  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0073  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  32.37 
 
 		 444 aa  169  9e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  34.71 
 
 		 434 aa  169  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  35.69 
 
 		 429 aa  169  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00180  putative tRNA and rRNA cytosine-C5-methylases  37.44 
 
 		 434 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.54038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0179  sun protein  36.79 
 
 		 448 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0085  sun protein  36.94 
 
 		 436 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.273968  hitchhiker  0.000000136476 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  32.82 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  35.34 
 
 		 429 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  33.11 
 
 		 427 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  34.31 
 
 		 428 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2646  hypothetical protein  33.11 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  33.42 
 
 		 427 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2516  hypothetical protein  33.11 
 
 		 427 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0036  sun protein  32.66 
 
 		 425 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2321  sun protein  37.5 
 
 		 429 aa  166  9e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0104634  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0613  16S rRNA methyltransferase B  35.64 
 
 		 435 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0175887  normal  0.0518778 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3884  16S rRNA methyltransferase B  35.64 
 
 		 429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.002095  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0314  16S rRNA methyltransferase B  35.64 
 
 		 429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  34.52 
 
 		 429 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0082  sun protein  38.13 
 
 		 436 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.531544  hitchhiker  0.0000000000001805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0066  sun protein  37.2 
 
 		 436 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000506957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0015  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  38.99 
 
 		 436 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0208773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0082  sun protein  37.6 
 
 		 436 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.254701 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  37.74 
 
 		 418 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  31.08 
 
 		 427 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  34.88 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>