More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3639 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
414 aa  825    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  52.45 
 
 
397 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.3 
 
 
398 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  55.78 
 
 
393 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.61 
 
 
402 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  49.51 
 
 
404 aa  388  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  50.39 
 
 
385 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  50.77 
 
 
385 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  51.3 
 
 
386 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  52.73 
 
 
387 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  50.78 
 
 
386 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  51.53 
 
 
390 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  50 
 
 
409 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  50.25 
 
 
385 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  50.26 
 
 
393 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  50.77 
 
 
385 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  49.74 
 
 
386 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.5 
 
 
387 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.67 
 
 
389 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.94 
 
 
392 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  47.54 
 
 
401 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  49.1 
 
 
381 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  47.26 
 
 
400 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.93 
 
 
385 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  51.29 
 
 
385 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.41 
 
 
391 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.42 
 
 
405 aa  364  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  47.21 
 
 
392 aa  363  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  52.06 
 
 
385 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  51.41 
 
 
384 aa  360  3e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.9 
 
 
398 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  51.03 
 
 
387 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  52.07 
 
 
385 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  52.99 
 
 
382 aa  355  1e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  51.3 
 
 
385 aa  352  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  53.87 
 
 
381 aa  352  1e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  50.91 
 
 
384 aa  350  2e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.69 
 
 
399 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  49.5 
 
 
394 aa  335  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.65 
 
 
387 aa  308  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.54 
 
 
416 aa  275  9e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.56 
 
 
389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.09 
 
 
394 aa  268  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  42.37 
 
 
417 aa  260  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.05 
 
 
390 aa  260  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.92 
 
 
419 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.53 
 
 
387 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.22 
 
 
392 aa  258  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.79 
 
 
396 aa  256  4e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1131  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.83 
 
 
379 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230562  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  43.93 
 
 
407 aa  253  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.9 
 
 
382 aa  252  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  42.7 
 
 
385 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.35 
 
 
390 aa  250  3e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  40.1 
 
 
399 aa  249  9e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.9 
 
 
394 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  42.41 
 
 
408 aa  248  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  39.01 
 
 
391 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  37.53 
 
 
386 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1258  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.12 
 
 
385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0161407  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.82 
 
 
379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1188  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.12 
 
 
385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  40.66 
 
 
424 aa  246  6e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  39.54 
 
 
409 aa  246  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1187  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.96 
 
 
385 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.454386  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  38.35 
 
 
413 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2693  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.58 
 
 
387 aa  245  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3359  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  38.74 
 
 
385 aa  245  9e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 
405 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3189  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.04 
 
 
388 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000939892  normal  0.198948 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 
405 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.78 
 
 
388 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000324324  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 
405 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 
405 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  40.56 
 
 
405 aa  243  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2483  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  42.11 
 
 
379 aa  244  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.274904  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  40.31 
 
 
405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  40.31 
 
 
405 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.27 
 
 
393 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  39.84 
 
 
401 aa  243  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  37.44 
 
 
419 aa  243  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3668  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.54 
 
 
388 aa  243  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.231493  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
404 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  38.24 
 
 
408 aa  242  7e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
404 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
404 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1332  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.05 
 
 
388 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000575717  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.41 
 
 
385 aa  242  9e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  40.41 
 
 
385 aa  242  9e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3031  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.28 
 
 
388 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.472525  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  38.46 
 
 
404 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  39.29 
 
 
409 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  41.03 
 
 
385 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.34 
 
 
382 aa  241  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  39.54 
 
 
405 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  37.53 
 
 
422 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  38.02 
 
 
391 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  49.28 
 
 
383 aa  240  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1121  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.27 
 
 
378 aa  240  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.002803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  39.33 
 
 
404 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>