More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1224 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
385 aa  783    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  89.06 
 
 
385 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  98.96 
 
 
385 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  66.49 
 
 
384 aa  539  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  66.75 
 
 
394 aa  525  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  65.79 
 
 
385 aa  521  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  64.66 
 
 
387 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  56.96 
 
 
386 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
392 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
405 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.54 
 
 
398 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  55.32 
 
 
385 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  56.46 
 
 
386 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.96 
 
 
387 aa  412  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  55.17 
 
 
385 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  54.64 
 
 
409 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  55.17 
 
 
404 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.91 
 
 
398 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  54.76 
 
 
400 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  55.44 
 
 
390 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.74 
 
 
391 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
401 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  53.89 
 
 
385 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  55.03 
 
 
387 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.7 
 
 
385 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.26 
 
 
389 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  53.54 
 
 
386 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  54.21 
 
 
385 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
381 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  52.73 
 
 
393 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.11 
 
 
402 aa  383  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  48.97 
 
 
392 aa  381  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.97 
 
 
399 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  50.13 
 
 
397 aa  359  5e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  55.29 
 
 
414 aa  349  4e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  50.53 
 
 
382 aa  342  5e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  50.13 
 
 
393 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  48.15 
 
 
384 aa  336  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  48.14 
 
 
381 aa  317  2e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.56 
 
 
387 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.4 
 
 
389 aa  271  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.15 
 
 
392 aa  269  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  41.6 
 
 
407 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  40.68 
 
 
413 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.44 
 
 
393 aa  260  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  39.84 
 
 
404 aa  260  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.23 
 
 
382 aa  258  9e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  38.89 
 
 
419 aa  257  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  39.57 
 
 
409 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  38.5 
 
 
404 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  38.5 
 
 
404 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  38.5 
 
 
404 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  39.85 
 
 
417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  39.3 
 
 
409 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  38.89 
 
 
422 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.69 
 
 
387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.88 
 
 
385 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.88 
 
 
385 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 
404 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 
404 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  37.99 
 
 
391 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.36 
 
 
389 aa  250  2e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
405 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  38.24 
 
 
404 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
399 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  37.7 
 
 
404 aa  249  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
405 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
405 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
405 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
405 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
405 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  39.47 
 
 
405 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  39.47 
 
 
405 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  38.42 
 
 
408 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  37.8 
 
 
404 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  39.58 
 
 
386 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.84 
 
 
384 aa  246  6e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 
382 aa  245  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  38.06 
 
 
391 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.53 
 
 
404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
401 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  38.06 
 
 
391 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  38.3 
 
 
378 aa  242  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.19 
 
 
394 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  38.83 
 
 
424 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0364  coproporphyrinogen III oxidase  37.27 
 
 
395 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250524  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  37.57 
 
 
380 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  37.5 
 
 
378 aa  241  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.46 
 
 
398 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.73 
 
 
396 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  37.5 
 
 
378 aa  239  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  39.16 
 
 
408 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.5 
 
 
378 aa  239  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.31 
 
 
394 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  39.18 
 
 
385 aa  239  9e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
378 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  38.89 
 
 
422 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
378 aa  238  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  36.98 
 
 
378 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  36.98 
 
 
378 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>