More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3582 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
385 aa  779    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  58.18 
 
 
393 aa  464  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  58.7 
 
 
401 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  59.79 
 
 
381 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  57.92 
 
 
400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  59.68 
 
 
387 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  57.89 
 
 
409 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  58.68 
 
 
385 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  58.4 
 
 
404 aa  444  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 
385 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  53.73 
 
 
392 aa  420  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.67 
 
 
398 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.78 
 
 
392 aa  418  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  56.25 
 
 
385 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  59.26 
 
 
387 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  55.85 
 
 
384 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  55.21 
 
 
385 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.67 
 
 
405 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.41 
 
 
398 aa  411  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.47 
 
 
399 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  55.7 
 
 
390 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.99 
 
 
389 aa  413  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  55.17 
 
 
386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  56.5 
 
 
386 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.52 
 
 
391 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.21 
 
 
402 aa  403  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  53.07 
 
 
385 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  52.8 
 
 
385 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  53.68 
 
 
386 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  52.8 
 
 
385 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  52.52 
 
 
387 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  53.08 
 
 
393 aa  392  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  51.46 
 
 
385 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  53.02 
 
 
397 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  52.53 
 
 
394 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  56.93 
 
 
414 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  53.7 
 
 
382 aa  364  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  51.58 
 
 
384 aa  353  2.9999999999999997e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  53.02 
 
 
381 aa  348  1e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.18 
 
 
387 aa  321  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  41.47 
 
 
399 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.32 
 
 
393 aa  276  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.46 
 
 
389 aa  276  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.91 
 
 
392 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  43.6 
 
 
407 aa  272  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.82 
 
 
394 aa  269  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  40.68 
 
 
413 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 
382 aa  265  7e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.72 
 
 
416 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  40.62 
 
 
419 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  38.68 
 
 
404 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  39.37 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  39.37 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.26 
 
 
394 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  38.32 
 
 
405 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.26 
 
 
396 aa  256  4e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  38.87 
 
 
422 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  39.84 
 
 
417 aa  256  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  38.4 
 
 
409 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.42 
 
 
385 aa  256  6e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.42 
 
 
385 aa  256  6e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  38.67 
 
 
404 aa  255  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  38.67 
 
 
409 aa  255  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  39.8 
 
 
424 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0856  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.21 
 
 
414 aa  253  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0921  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.21 
 
 
414 aa  253  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698977 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.94 
 
 
398 aa  253  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  38.13 
 
 
404 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.1 
 
 
387 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  39.13 
 
 
422 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.84 
 
 
381 aa  249  6e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.79 
 
 
383 aa  249  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  37.15 
 
 
408 aa  248  9e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.43 
 
 
390 aa  248  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.79 
 
 
419 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  37.86 
 
 
378 aa  245  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  37.86 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  37.86 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  37.7 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  38.58 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  38.22 
 
 
379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0971  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.58 
 
 
408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3079  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.27 
 
 
380 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.862444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  42.4 
 
 
408 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.06 
 
 
382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.17 
 
 
378 aa  242  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  37.6 
 
 
380 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>