More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0394 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  82.38 
 
 
401 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
393 aa  815    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  80.26 
 
 
381 aa  651    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  83.16 
 
 
400 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  66.67 
 
 
387 aa  545  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  66.75 
 
 
409 aa  541  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  66.67 
 
 
385 aa  530  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  66.67 
 
 
404 aa  530  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  64.66 
 
 
385 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  64.72 
 
 
385 aa  499  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  64.81 
 
 
386 aa  497  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  65.61 
 
 
386 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  62.99 
 
 
390 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  64.64 
 
 
386 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  61.74 
 
 
385 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.68 
 
 
392 aa  487  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.42 
 
 
405 aa  479  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.15 
 
 
398 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  60.73 
 
 
398 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.66 
 
 
389 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  58.21 
 
 
392 aa  465  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.78 
 
 
387 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.98 
 
 
399 aa  455  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  59.59 
 
 
391 aa  455  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.02 
 
 
385 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  57.48 
 
 
402 aa  449  1e-125  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  56.77 
 
 
384 aa  423  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  53.91 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  52.99 
 
 
385 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  52.73 
 
 
385 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  53.32 
 
 
385 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  53.93 
 
 
397 aa  389  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  52.21 
 
 
385 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  52.42 
 
 
393 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  52.77 
 
 
382 aa  372  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  50.26 
 
 
414 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  51.79 
 
 
394 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  51.57 
 
 
384 aa  360  4e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  50.26 
 
 
381 aa  348  7e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.98 
 
 
387 aa  318  9e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 
422 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.68 
 
 
392 aa  263  4e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.64 
 
 
393 aa  261  2e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  40.29 
 
 
424 aa  259  6e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.95 
 
 
389 aa  259  6e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.84 
 
 
390 aa  259  6e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  40.11 
 
 
417 aa  256  4e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  39.83 
 
 
419 aa  255  9e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 
422 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  38.98 
 
 
413 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.69 
 
 
394 aa  250  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  38.71 
 
 
409 aa  247  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.16 
 
 
389 aa  247  3e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.05 
 
 
381 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.3 
 
 
383 aa  243  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  37.76 
 
 
404 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 
407 aa  242  7.999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.91 
 
 
394 aa  242  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  36.29 
 
 
390 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  36.29 
 
 
391 aa  241  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  38.42 
 
 
409 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.01 
 
 
396 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  37.54 
 
 
404 aa  240  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
404 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
404 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
404 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  36.51 
 
 
379 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
404 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
404 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  35.2 
 
 
399 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 
405 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  35.51 
 
 
392 aa  237  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.62 
 
 
416 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  38.76 
 
 
408 aa  236  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 
405 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 
405 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 
405 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 
405 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  37.76 
 
 
405 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  37.76 
 
 
405 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  36.58 
 
 
404 aa  236  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.39 
 
 
390 aa  235  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.42 
 
 
385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  38.42 
 
 
385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  37.76 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  40.48 
 
 
383 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.63 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  36.99 
 
 
385 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  35.86 
 
 
391 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
419 aa  233  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1187  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.61 
 
 
385 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.454386  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  39.33 
 
 
386 aa  233  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.28 
 
 
382 aa  233  6e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  38.67 
 
 
386 aa  233  7.000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  35.66 
 
 
401 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  40.48 
 
 
383 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.65 
 
 
385 aa  231  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1468  oxygen-independent coproporphyrinogen-III oxidase  33.42 
 
 
375 aa  231  2e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.245191  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1258  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.89 
 
 
385 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0161407  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>