More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2870 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
384 aa  795    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  67.02 
 
 
385 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  66.49 
 
 
385 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  66.49 
 
 
385 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  65.62 
 
 
394 aa  511  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  63.12 
 
 
387 aa  502  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  61.68 
 
 
385 aa  494  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  58.09 
 
 
387 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  56.77 
 
 
393 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.26 
 
 
392 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.89 
 
 
385 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.38 
 
 
398 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  52.86 
 
 
385 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.18 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  53.99 
 
 
409 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  53.3 
 
 
386 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.86 
 
 
405 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  53.46 
 
 
385 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  54.11 
 
 
381 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  53.46 
 
 
404 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.21 
 
 
387 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.74 
 
 
391 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  51.94 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  53.32 
 
 
400 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  52.89 
 
 
386 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
386 aa  396  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.95 
 
 
398 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  53.32 
 
 
401 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  52.37 
 
 
385 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  51.82 
 
 
385 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  52.66 
 
 
390 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  54.29 
 
 
397 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.26 
 
 
399 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  53.89 
 
 
393 aa  375  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.86 
 
 
402 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  52.77 
 
 
382 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  51.18 
 
 
384 aa  355  5.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  54.79 
 
 
414 aa  349  4e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  51.45 
 
 
381 aa  341  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.89 
 
 
387 aa  310  4e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.81 
 
 
389 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.84 
 
 
382 aa  273  5.000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.18 
 
 
392 aa  268  8.999999999999999e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.47 
 
 
387 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  41.21 
 
 
407 aa  263  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.6 
 
 
393 aa  260  3e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1304  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.12 
 
 
381 aa  256  6e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  39.06 
 
 
413 aa  255  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.95 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  39.42 
 
 
399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  38.96 
 
 
391 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.04 
 
 
385 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.04 
 
 
385 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  39.69 
 
 
404 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  37.8 
 
 
404 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  37.76 
 
 
419 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  38.85 
 
 
378 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  38.64 
 
 
408 aa  246  4e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  37.27 
 
 
409 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.54 
 
 
398 aa  245  6.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.53 
 
 
382 aa  245  8e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  37.93 
 
 
401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  37.01 
 
 
409 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0479  coproporphyrinogen III oxidase  40.05 
 
 
392 aa  243  6e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.16 
 
 
404 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.12 
 
 
381 aa  242  7e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4335  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
389 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.65 
 
 
385 aa  242  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3508  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.84 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.230764  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  37.92 
 
 
391 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0485  coproporphyrinogen III oxidase  38.74 
 
 
384 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  36.65 
 
 
378 aa  236  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  37.6 
 
 
391 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.64 
 
 
383 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  38.06 
 
 
385 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05040  coproporphyrinogen III oxidase  38.74 
 
 
384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  35.7 
 
 
404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.49 
 
 
394 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  35.26 
 
 
404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  35.26 
 
 
404 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  35.17 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  36.04 
 
 
392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  35.17 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  35.6 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  35.17 
 
 
404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  35.26 
 
 
404 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  35.34 
 
 
405 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  35.34 
 
 
405 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2472  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.38 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3351  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.03 
 
 
384 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.95 
 
 
419 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  37.08 
 
 
422 aa  233  5e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  36.13 
 
 
378 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  36.91 
 
 
379 aa  232  7.000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  36.13 
 
 
378 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  36.55 
 
 
376 aa  232  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>