More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3508 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  91.6 
 
 
381 aa  681    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3508  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
381 aa  770    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.230764  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  54.64 
 
 
383 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.96 
 
 
381 aa  414  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  52.62 
 
 
385 aa  383  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1304  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.18 
 
 
381 aa  342  7e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1228  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.86 
 
 
380 aa  315  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0582  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  42.86 
 
 
388 aa  315  9.999999999999999e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0858  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  43.39 
 
 
378 aa  290  2e-77  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0560367  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2500  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.69 
 
 
378 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000623828  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.36 
 
 
378 aa  288  1e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.16 
 
 
380 aa  287  2e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000136099  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2082  coproporphyrinogen III oxidase  36.51 
 
 
375 aa  285  7e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  43.63 
 
 
393 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000543862  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.27 
 
 
389 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1325  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.79 
 
 
380 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3225  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.65 
 
 
432 aa  280  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000826969  normal  0.0243619 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.31 
 
 
375 aa  277  2e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2008  coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
377 aa  277  2e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2293  coproporphyrinogen III oxidase  37.7 
 
 
377 aa  276  3e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3351  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.58 
 
 
384 aa  276  4e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3018  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.21 
 
 
393 aa  275  7e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0475  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.84 
 
 
376 aa  273  4.0000000000000004e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_761  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.05 
 
 
378 aa  270  4e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000202557  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 
385 aa  268  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.32 
 
 
382 aa  266  5e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2314  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.89 
 
 
408 aa  265  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256017  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.12 
 
 
381 aa  264  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000332518  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.9 
 
 
448 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3043  coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
378 aa  263  4e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000458873  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1109  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.3 
 
 
377 aa  262  6.999999999999999e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.298913  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1516  coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 
405 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.493092  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0776  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.89 
 
 
378 aa  260  2e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00749552  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1108  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.17 
 
 
360 aa  260  2e-68  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1554  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.89 
 
 
376 aa  258  9e-68  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000769723  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2223  coproporphyrinogen III oxidase  36.15 
 
 
396 aa  258  1e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2205  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40 
 
 
484 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.434843  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4462  coproporphyrinogen III oxidase  34.9 
 
 
435 aa  256  5e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4168  coproporphyrinogen III oxidase  36.2 
 
 
379 aa  256  5e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  41.49 
 
 
393 aa  256  5e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  39.84 
 
 
384 aa  256  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1180  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.25 
 
 
401 aa  256  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.219055  hitchhiker  0.00393596 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1216  coproporphyrinogen III oxidase  35.37 
 
 
378 aa  256  5e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2440  coproporphyrinogen III oxidase  38.38 
 
 
382 aa  256  7e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000264436  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1010  coproporphyrinogen III oxidase  40.31 
 
 
379 aa  255  7e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  35.51 
 
 
379 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2843  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.73 
 
 
374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.225724  normal  0.624237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  39.53 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.26 
 
 
388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.865362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0488  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.99 
 
 
374 aa  253  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4269  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.6 
 
 
401 aa  253  4.0000000000000004e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.281837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4450  coproporphyrinogen III oxidase  35.7 
 
 
378 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131876  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  37.15 
 
 
392 aa  253  5.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3320  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.39 
 
 
357 aa  252  7e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00918826  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  40.58 
 
 
409 aa  252  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  38.5 
 
 
401 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4216  coproporphyrinogen III oxidase  35.49 
 
 
379 aa  251  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4542  coproporphyrinogen III oxidase  35.7 
 
 
378 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.3385  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  35.25 
 
 
379 aa  250  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3559  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.2 
 
 
393 aa  249  4e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4064  coproporphyrinogen III oxidase  35.23 
 
 
379 aa  249  5e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4398  coproporphyrinogen III oxidase  35.43 
 
 
378 aa  249  6e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.601746  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2382  coproporphyrinogen III oxidase  36.46 
 
 
396 aa  249  7e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0342073 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4339  coproporphyrinogen III oxidase  35.25 
 
 
378 aa  248  9e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26628e-29 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  40.1 
 
 
385 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0890  coproporphyrinogen III oxidase  36.34 
 
 
376 aa  247  2e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.112069  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04915  coproporphyrinogen III oxidase  35.28 
 
 
376 aa  247  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1249  coproporphyrinogen III oxidase  34.48 
 
 
379 aa  247  2e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.24 
 
 
385 aa  247  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4054  coproporphyrinogen III oxidase  35.23 
 
 
379 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.749761  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  37.73 
 
 
400 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3306  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.81 
 
 
423 aa  246  4e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661128  normal  0.0726751 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  40.58 
 
 
385 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  39.33 
 
 
385 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  40.58 
 
 
404 aa  245  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3875  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.34 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.27 
 
 
390 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.53 
 
 
398 aa  243  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1194  coproporphyrinogen III oxidase  35.2 
 
 
421 aa  243  3.9999999999999997e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0134211 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  36.41 
 
 
390 aa  243  3.9999999999999997e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.68 
 
 
399 aa  243  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  37.47 
 
 
393 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1001  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.91 
 
 
424 aa  241  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  40.05 
 
 
386 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0936  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.28 
 
 
383 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
405 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  38.56 
 
 
385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  36.46 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  38.67 
 
 
385 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  42.25 
 
 
385 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1675  coproporphyrinogen III oxidase  31.93 
 
 
374 aa  239  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.370593  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0455  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.83 
 
 
391 aa  239  5e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1641  coproporphyrinogen III oxidase  31.93 
 
 
374 aa  239  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.905653  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.94 
 
 
392 aa  239  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0055  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.15 
 
 
365 aa  239  6.999999999999999e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.60035 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  40.54 
 
 
422 aa  239  8e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  40.62 
 
 
399 aa  238  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  42.14 
 
 
414 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.63 
 
 
398 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2601  coproporphyrinogen III oxidase  36 
 
 
414 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>