More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0184 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
385 aa  791    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  85.98 
 
 
386 aa  679    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  84.96 
 
 
390 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  82.12 
 
 
386 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  82.86 
 
 
385 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  84.46 
 
 
386 aa  675    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  80 
 
 
385 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  67.9 
 
 
387 aa  501  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  64.21 
 
 
387 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  66.05 
 
 
398 aa  502  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  64.64 
 
 
392 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  64.72 
 
 
393 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  63.85 
 
 
405 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  62.33 
 
 
401 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  64.47 
 
 
391 aa  491  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  63.49 
 
 
404 aa  488  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  63.85 
 
 
398 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  63.49 
 
 
385 aa  487  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  62.66 
 
 
409 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  61.54 
 
 
400 aa  485  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 
381 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  60.26 
 
 
389 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.36 
 
 
402 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  63.03 
 
 
399 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  53.73 
 
 
392 aa  448  1e-125  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  55.06 
 
 
385 aa  422  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  55.32 
 
 
385 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.26 
 
 
385 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  54.81 
 
 
385 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
385 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  52.86 
 
 
384 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  54.35 
 
 
397 aa  390  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  50.78 
 
 
387 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  53.25 
 
 
393 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  53.85 
 
 
394 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  50.4 
 
 
414 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  52.24 
 
 
382 aa  354  2e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  50.92 
 
 
384 aa  352  5e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  49.61 
 
 
381 aa  346  4e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.77 
 
 
387 aa  291  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.71 
 
 
392 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.78 
 
 
381 aa  255  9e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.44 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.16 
 
 
390 aa  253  5.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.07 
 
 
394 aa  251  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.31 
 
 
398 aa  251  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.8 
 
 
389 aa  248  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.37 
 
 
396 aa  245  9e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  35.83 
 
 
399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  41.88 
 
 
383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.12 
 
 
381 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  39.89 
 
 
407 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.99 
 
 
382 aa  240  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.69 
 
 
385 aa  239  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.92 
 
 
394 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.03 
 
 
390 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.37 
 
 
382 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  35.4 
 
 
391 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  37.73 
 
 
417 aa  236  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.51 
 
 
416 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.3 
 
 
387 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  38.95 
 
 
422 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  37.8 
 
 
385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  39.53 
 
 
424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  38.26 
 
 
383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.39 
 
 
389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2500  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.68 
 
 
378 aa  234  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000623828  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2082  coproporphyrinogen III oxidase  31.85 
 
 
375 aa  233  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.94 
 
 
385 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.94 
 
 
385 aa  233  6e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  39.71 
 
 
408 aa  232  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  36.63 
 
 
390 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3508  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.95 
 
 
381 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.230764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  38.26 
 
 
383 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.84 
 
 
380 aa  231  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000136099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  35.53 
 
 
401 aa  230  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0921  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.11 
 
 
414 aa  230  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698977 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.68 
 
 
448 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0856  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.11 
 
 
414 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.81 
 
 
385 aa  230  4e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  37.86 
 
 
419 aa  230  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  36.44 
 
 
413 aa  228  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  36.34 
 
 
392 aa  228  9e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  36.76 
 
 
391 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.19 
 
 
419 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.58 
 
 
384 aa  227  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2293  coproporphyrinogen III oxidase  32.02 
 
 
377 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2033  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.37 
 
 
414 aa  227  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.772986 
 
 
-
 
NC_002950  PG0475  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  33.86 
 
 
376 aa  227  3e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  39.24 
 
 
422 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2444  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.23 
 
 
385 aa  227  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  35.86 
 
 
408 aa  227  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  35.92 
 
 
404 aa  226  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  36.07 
 
 
404 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.37 
 
 
393 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000543862  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2008  coproporphyrinogen III oxidase  29.47 
 
 
377 aa  225  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  35.22 
 
 
404 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1468  oxygen-independent coproporphyrinogen-III oxidase  37.35 
 
 
375 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.245191  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0710  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.35 
 
 
375 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.963013  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3308  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.52 
 
 
390 aa  223  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>