More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0403 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  92.6 
 
 		 392 aa  731    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 405 aa  815    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  98.49 
 
 		 398 aa  790    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  79.95 
 
 		 398 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  78.09 
 
 		 391 aa  596  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  78.39 
 
 		 387 aa  595  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  67.55 
 
 		 386 aa  512  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  65.88 
 
 		 385 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  65.22 
 
 		 386 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  64.74 
 
 		 386 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  65.96 
 
 		 390 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  65.44 
 
 		 385 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  63.85 
 
 		 385 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  64.49 
 
 		 385 aa  485  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  64.25 
 
 		 404 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  61.17 
 
 		 401 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.5 
 
 		 402 aa  481  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  67.46 
 
 		 399 aa  478  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  63.32 
 
 		 409 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  61.42 
 
 		 400 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  61.42 
 
 		 393 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  62.01 
 
 		 381 aa  481  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  62.07 
 
 		 387 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  60.16 
 
 		 389 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  55.56 
 
 		 392 aa  439  9.999999999999999e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  59.42 
 
 		 385 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 		 385 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  56.54 
 
 		 385 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.52 
 
 		 385 aa  409  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  55.61 
 
 		 385 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  57.04 
 
 		 397 aa  410  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  56.71 
 
 		 394 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  55.82 
 
 		 387 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  54.86 
 
 		 384 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  56.73 
 
 		 393 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  51.72 
 
 		 384 aa  368  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  51.33 
 
 		 414 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  50.66 
 
 		 381 aa  339  4e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  51.95 
 
 		 382 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.52 
 
 		 392 aa  288  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.77 
 
 		 387 aa  279  5e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.3 
 
 		 393 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  41.35 
 
 		 422 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  41.07 
 
 		 407 aa  272  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  41.43 
 
 		 424 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  41.08 
 
 		 422 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.31 
 
 		 416 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.84 
 
 		 389 aa  265  8e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  38.46 
 
 		 399 aa  262  8.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  39.48 
 
 		 404 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.47 
 
 		 382 aa  259  4e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.35 
 
 		 394 aa  257  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.16 
 
 		 390 aa  256  4e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  39.49 
 
 		 417 aa  256  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.73 
 
 		 389 aa  255  7e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.08 
 
 		 396 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  40.1 
 
 		 390 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  38.77 
 
 		 413 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  37.79 
 
 		 419 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.41 
 
 		 394 aa  253  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.11 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.11 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  38.58 
 
 		 391 aa  251  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.89 
 
 		 419 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  40.94 
 
 		 405 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  39.25 
 
 		 409 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  39.25 
 
 		 404 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  38.98 
 
 		 404 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  41.69 
 
 		 383 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  39.52 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  40.64 
 
 		 405 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  38.44 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  38.44 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  38.44 
 
 		 404 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  38.71 
 
 		 404 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  38.71 
 
 		 404 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  37.11 
 
 		 391 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  41.62 
 
 		 378 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.315269 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2500  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.2 
 
 		 378 aa  245  9e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000623828  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.21 
 
 		 384 aa  245  9e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  41.62 
 
 		 378 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 		 378 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  39.05 
 
 		 378 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 		 378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  38.71 
 
 		 409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  38.05 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2448  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  41.81 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403351 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  39.72 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  38.67 
 
 		 378 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  41.49 
 
 		 380 aa  243  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  42.55 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.026335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  41.32 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  38.67 
 
 		 378 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 		 378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  38.79 
 
 		 378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>