More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1631 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
394 aa  808    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  78.87 
 
 
396 aa  633  1e-180  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  76.92 
 
 
394 aa  630  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  76.8 
 
 
390 aa  620  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2033  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  73.85 
 
 
414 aa  614  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.772986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  74.5 
 
 
416 aa  609  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  73.92 
 
 
419 aa  606  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0921  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  77.1 
 
 
414 aa  585  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0856  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  77.1 
 
 
414 aa  585  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  70.79 
 
 
417 aa  579  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0703  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  67.4 
 
 
457 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.625393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  60.47 
 
 
404 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  60.21 
 
 
404 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  60.21 
 
 
409 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  60.47 
 
 
404 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  59.17 
 
 
404 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  59.95 
 
 
409 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  59.43 
 
 
404 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  59.69 
 
 
404 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  59.69 
 
 
404 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  59.69 
 
 
404 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  60.26 
 
 
405 aa  489  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  59.74 
 
 
405 aa  484  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  59.74 
 
 
405 aa  484  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  59.74 
 
 
405 aa  484  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  59.74 
 
 
405 aa  484  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  59.22 
 
 
405 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  59.22 
 
 
405 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  58.46 
 
 
422 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  59.48 
 
 
405 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  59.23 
 
 
424 aa  474  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  58.21 
 
 
422 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  55.5 
 
 
419 aa  455  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  55.24 
 
 
413 aa  450  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  54.5 
 
 
408 aa  442  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.68 
 
 
392 aa  437  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.86 
 
 
393 aa  429  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  52.36 
 
 
399 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  54.93 
 
 
384 aa  421  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.62 
 
 
387 aa  418  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0479  coproporphyrinogen III oxidase  58.01 
 
 
392 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.52 
 
 
385 aa  409  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  54.52 
 
 
385 aa  409  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2322  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  51.28 
 
 
388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  53.97 
 
 
383 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  53.97 
 
 
383 aa  404  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  53.3 
 
 
385 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  53.03 
 
 
408 aa  393  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  53.65 
 
 
407 aa  390  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2472  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
400 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3079  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  50.26 
 
 
380 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.862444  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2444  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.27 
 
 
385 aa  378  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  50.26 
 
 
378 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0755  coproporphyrinogen III oxidase  51.06 
 
 
379 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  48.7 
 
 
391 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  49.21 
 
 
379 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  48.94 
 
 
379 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0364  coproporphyrinogen III oxidase  48.58 
 
 
395 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250524  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  49.48 
 
 
382 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  48.45 
 
 
391 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  48.19 
 
 
391 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  48.82 
 
 
380 aa  362  5.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05040  coproporphyrinogen III oxidase  51.19 
 
 
384 aa  362  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  48.79 
 
 
380 aa  362  8e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1258  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.7 
 
 
385 aa  362  9e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0161407  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  49.47 
 
 
386 aa  361  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0485  coproporphyrinogen III oxidase  50.92 
 
 
384 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  50 
 
 
404 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.53 
 
 
382 aa  360  2e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  48.66 
 
 
401 aa  359  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1187  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.44 
 
 
385 aa  359  5e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.454386  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3359  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  46.17 
 
 
385 aa  358  7e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  50 
 
 
404 aa  358  7e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  48.03 
 
 
378 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  48.03 
 
 
378 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.026335 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.65 
 
 
379 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1188  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.91 
 
 
385 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  48.03 
 
 
378 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.315269 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  47.09 
 
 
376 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  47.09 
 
 
376 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  47.09 
 
 
376 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  48.03 
 
 
378 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2687  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  44.84 
 
 
400 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000667437  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1131  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.93 
 
 
379 aa  355  5e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230562  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3447  coproporphyrinogen III oxidase  47.77 
 
 
378 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.286445 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3031  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.5 
 
 
388 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.472525  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2693  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  44.85 
 
 
387 aa  354  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.77 
 
 
388 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000324324  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  47.24 
 
 
378 aa  353  4e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3668  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.55 
 
 
388 aa  353  4e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.231493  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1332  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.77 
 
 
388 aa  353  4e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000575717  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  47.24 
 
 
378 aa  353  4e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  47.24 
 
 
378 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  47.24 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3189  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  45.77 
 
 
388 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000939892  normal  0.198948 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3288  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.35 
 
 
396 aa  350  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  47.24 
 
 
378 aa  351  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  45.69 
 
 
390 aa  350  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  45.43 
 
 
392 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  46.98 
 
 
378 aa  349  5e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>