More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0007 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0003  coproporphyrinogen III oxidase  86.58 
 
 
401 aa  684    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.045882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0003  coproporphyrinogen III oxidase  86.58 
 
 
400 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.242877  hitchhiker  0.00414143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0007  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
381 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223665 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  80.26 
 
 
393 aa  651    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4013  coproporphyrinogen III oxidase  69.84 
 
 
387 aa  556  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00338322  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  66.05 
 
 
409 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0170  coproporphyrinogen III oxidase  65.53 
 
 
404 aa  521  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.379163  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0176  coproporphyrinogen III oxidase  65.53 
 
 
385 aa  521  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0330  coproporphyrinogen III oxidase  63.42 
 
 
385 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.154347  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0436  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.27 
 
 
398 aa  485  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.355394  normal  0.414795 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0149  coproporphyrinogen III oxidase  63.09 
 
 
386 aa  484  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0471  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.01 
 
 
392 aa  484  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039333  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0423  coproporphyrinogen III oxidase  61.27 
 
 
390 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0397  coproporphyrinogen III oxidase  60.42 
 
 
385 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0184  coproporphyrinogen III oxidase  61.32 
 
 
385 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0191  coproporphyrinogen III oxidase  61.64 
 
 
386 aa  478  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0403  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.01 
 
 
405 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.68433  normal  0.919308 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0323  coproporphyrinogen III oxidase  61.48 
 
 
386 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  58.14 
 
 
392 aa  464  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2941  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.05 
 
 
391 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.446219  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.42 
 
 
389 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0027  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  61.05 
 
 
387 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0024  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.95 
 
 
398 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2537  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.11 
 
 
399 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.878033 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  59.95 
 
 
385 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.79 
 
 
402 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3460  coproporphyrinogen III oxidase  54.64 
 
 
387 aa  403  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2661  coproporphyrinogen III oxidase  53.44 
 
 
385 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  normal  0.501465 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  54.11 
 
 
384 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 
385 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  53.97 
 
 
385 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0204  coproporphyrinogen III oxidase  51.99 
 
 
385 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.662433 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  53.97 
 
 
394 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  52.33 
 
 
393 aa  376  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0569  coproporphyrinogen III oxidase  53.68 
 
 
397 aa  376  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  49.34 
 
 
414 aa  362  6e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  51.96 
 
 
384 aa  360  3e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1693  coproporphyrinogen III oxidase  50.65 
 
 
382 aa  355  5e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.616989  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  49.61 
 
 
381 aa  335  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0173  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  48.56 
 
 
387 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3011  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.52 
 
 
389 aa  282  6.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1082  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.07 
 
 
392 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0789  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.17 
 
 
393 aa  254  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.284669  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0052  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.01 
 
 
390 aa  253  4.0000000000000004e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0403831  normal  0.42577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  40.41 
 
 
422 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  37.27 
 
 
379 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0208  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.74 
 
 
381 aa  248  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000567402  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1341  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.61 
 
 
394 aa  247  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3535  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  39.18 
 
 
383 aa  246  4e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000160096  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.21 
 
 
389 aa  246  4e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1631  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.12 
 
 
394 aa  245  8e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.526463  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3079  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  39.21 
 
 
380 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.862444  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2161  coproporphyrinogen III oxidase  40.71 
 
 
424 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0050137  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2703  putative anaerobic coproporphyrinogen III oxidase oxidoreductase protein  38.66 
 
 
417 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4155  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  36.39 
 
 
416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3577  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.3 
 
 
390 aa  243  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0892028  normal  0.365381 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  42.37 
 
 
386 aa  242  9e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1962  coproporphyrinogen III oxidase  40.41 
 
 
422 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.154783  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  39.18 
 
 
385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  35.77 
 
 
390 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  36.34 
 
 
392 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0816  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.65 
 
 
396 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  36.22 
 
 
378 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4026  coproporphyrinogen III oxidase  37.93 
 
 
407 aa  239  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.799175  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2346  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  38.69 
 
 
385 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.69 
 
 
385 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.958254  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  35.84 
 
 
391 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  36.39 
 
 
379 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  38.27 
 
 
383 aa  238  2e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4323  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.43 
 
 
419 aa  236  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  37.73 
 
 
399 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  35.34 
 
 
376 aa  235  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  35.34 
 
 
376 aa  235  9e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  35.34 
 
 
376 aa  235  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  38.27 
 
 
383 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2082  coproporphyrinogen III oxidase  32.1 
 
 
375 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  36.27 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2303  hypothetical protein  36.83 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2276  hypothetical protein  36.53 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2033  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.77 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.772986 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2687  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.89 
 
 
400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000667437  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  38.71 
 
 
380 aa  233  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0755  coproporphyrinogen III oxidase  36.24 
 
 
379 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  37.28 
 
 
408 aa  233  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  38.82 
 
 
419 aa  233  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1131  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.46 
 
 
379 aa  233  5e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230562  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  41.1 
 
 
378 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3447  coproporphyrinogen III oxidase  41.1 
 
 
378 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.286445 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  41.1 
 
 
378 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.026335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  40.75 
 
 
378 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.315269 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  38.6 
 
 
408 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1109  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.01 
 
 
377 aa  231  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.298913  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2483  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  37.11 
 
 
379 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.274904  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  37.17 
 
 
386 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.86 
 
 
385 aa  229  5e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  40.75 
 
 
378 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  41.1 
 
 
379 aa  229  5e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  35.62 
 
 
378 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  35.81 
 
 
404 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  37.24 
 
 
413 aa  229  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>