More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0554 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0554  Rh-like protein/ammonium transporter  100 
 
 		 439 aa  820    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1303  ammonium transporter  40.62 
 
 		 447 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.863538  normal  0.392639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  39.39 
 
 		 414 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0144  ammonium transporter  40.05 
 
 		 437 aa  259  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  39.01 
 
 		 409 aa  257  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0624  Rh family protein/ammonium transporter  38.22 
 
 		 416 aa  255  9e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0505999  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  38.11 
 
 		 449 aa  253  5.000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0834  Rh family protein/ammonium transporter  38.48 
 
 		 416 aa  253  6e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03436  hypothetical protein  39.37 
 
 		 409 aa  247  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3831  ammonium transporter  36.27 
 
 		 416 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0618394  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0847  Rh family protein/ammonium transporter  36.55 
 
 		 416 aa  243  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3649  ammonium transporter  35.78 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243704  hitchhiker  0.000385246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3707  ammonium transporter  35.78 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00259002  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0798  ammonium transporter  35.78 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0469975  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0760  ammonium transporter  36.13 
 
 		 408 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3361  Rh family protein/ammonium transporter  35.86 
 
 		 416 aa  239  9e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0592  Rh family protein/ammonium transporter  35.86 
 
 		 416 aa  239  9e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3025  ammonium transporter  39.69 
 
 		 406 aa  238  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.228412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3531  Rh family protein/ammonium transporter  35.86 
 
 		 416 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002573  ammonium transporter  38.75 
 
 		 381 aa  238  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000132513  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2407  ammonium transporter  40.92 
 
 		 414 aa  238  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3240  Rh family protein/ammonium transporter  35.94 
 
 		 416 aa  236  6e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.212447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0260  ammonium transporter  38.17 
 
 		 416 aa  232  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.647918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2630  ammonium transporter  38.9 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0934  Rh family protein/ammonium transporter  35.34 
 
 		 416 aa  226  6e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3162  Rh-like protein/ammonium transporter  37.95 
 
 		 416 aa  226  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0234598  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0642  putative ammonium transporter  34.22 
 
 		 426 aa  226  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0651  Rh-like protein/ammonium transporter  37.08 
 
 		 416 aa  226  8e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0136  putative ammonium transporter  38.58 
 
 		 411 aa  226  8e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000107717  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0980  Rh family protein/ammonium transporter  35.86 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.7151 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2904  Rh-like protein/ammonium transporter  37.73 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.676438  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4057  ammonium transporter  39.95 
 
 		 435 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.211238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1340  ammonium transporter  37.7 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1500  ammonium transporter  38.58 
 
 		 414 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  36.13 
 
 		 446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0196  putative ammonium transporter, marine subtype  37.18 
 
 		 417 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  34.54 
 
 		 444 aa  209  7e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  34.63 
 
 		 421 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2347  Rh-like protein/ammonium transporter  35.38 
 
 		 420 aa  208  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.151921 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  37.56 
 
 		 497 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  35.97 
 
 		 468 aa  207  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3305  ammonium transporter  38.28 
 
 		 408 aa  205  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508137  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2955  ammonium transporter  36.9 
 
 		 518 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00480  putative ammonium transporter  37.24 
 
 		 415 aa  203  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3571  ammonium transporter  37.47 
 
 		 446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0782  ammonium transporter  34.19 
 
 		 511 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4477  ammonium transporter  35.09 
 
 		 488 aa  198  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.341446  normal  0.184801 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  35.04 
 
 		 525 aa  196  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  35.2 
 
 		 476 aa  196  8.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  33.85 
 
 		 461 aa  195  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0079  ammonium transporter  33.5 
 
 		 416 aa  195  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.376757  normal  0.798164 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2044  ammonium transporter, AmtB  35.63 
 
 		 420 aa  193  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0927087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4312  ammonium transporter  34.3 
 
 		 506 aa  193  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0172  Rh family protein/ammonium transporter  34.41 
 
 		 417 aa  192  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030893  normal  0.412572 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0916  ammonium transporter  34.88 
 
 		 462 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.685309  normal  0.315253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0522  Rh family protein/ammonium transporter  36.27 
 
 		 423 aa  190  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395518  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  33.17 
 
 		 460 aa  190  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0265  ammonium transporter  33.7 
 
 		 487 aa  187  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  33.17 
 
 		 435 aa  186  6e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  33.17 
 
 		 435 aa  186  6e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0492  Rh-like protein/ammonium transporter  35.15 
 
 		 422 aa  186  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1629  ammonium transporter  33.48 
 
 		 496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03411  ammonium transporter  33.48 
 
 		 496 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0233  ammonium transporter  36.64 
 
 		 411 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0507426  normal  0.607723 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  33.18 
 
 		 490 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  34.9 
 
 		 471 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  33.63 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  33.63 
 
 		 486 aa  183  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  32.76 
 
 		 489 aa  182  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  34.56 
 
 		 515 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  34.56 
 
 		 515 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1796  ammonium transporter  33.17 
 
 		 441 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02961  ammonium transporter  32.97 
 
 		 486 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  34.4 
 
 		 478 aa  180  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  33.91 
 
 		 478 aa  180  4e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  34.15 
 
 		 482 aa  180  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  32.65 
 
 		 441 aa  179  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  35.7 
 
 		 441 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  32.22 
 
 		 445 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1499  ammonium transporter  34.36 
 
 		 584 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907074  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 717 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.66 
 
 		 1262 aa  172  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  32.05 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2151  ammonium transporter  32.44 
 
 		 611 aa  171  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0643  Rh-like protein/ammonium transporter  30.69 
 
 		 391 aa  170  5e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.32832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.83 
 
 		 1016 aa  169  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  34.13 
 
 		 483 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1757  ammonium transporter  34.63 
 
 		 437 aa  169  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  31.49 
 
 		 1209 aa  168  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.58 
 
 		 1018 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  32.98 
 
 		 422 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  33.04 
 
 		 644 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2018  ammonium transporter  31.52 
 
 		 478 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.678584  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  33.42 
 
 		 442 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  34.2 
 
 		 442 aa  161  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0663  ammonium transporter  31.23 
 
 		 407 aa  159  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1530  ammonium transporter  36.88 
 
 		 512 aa  159  9e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  29.88 
 
 		 458 aa  157  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  33.89 
 
 		 439 aa  156  7e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  34.1 
 
 		 433 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>