More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0144 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0144  ammonium transporter  100 
 
 
437 aa  859    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4057  ammonium transporter  74.55 
 
 
435 aa  606  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.211238 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2630  ammonium transporter  76.96 
 
 
440 aa  605  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1303  ammonium transporter  65.67 
 
 
447 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.863538  normal  0.392639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  56.54 
 
 
414 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  54.46 
 
 
449 aa  419  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0624  Rh family protein/ammonium transporter  54.57 
 
 
416 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0505999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0847  Rh family protein/ammonium transporter  53.96 
 
 
416 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105757  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0260  ammonium transporter  55.56 
 
 
416 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.647918  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3240  Rh family protein/ammonium transporter  52.62 
 
 
416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.212447  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0760  ammonium transporter  53.62 
 
 
408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3361  Rh family protein/ammonium transporter  53.37 
 
 
416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0592  Rh family protein/ammonium transporter  53.37 
 
 
416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3531  Rh family protein/ammonium transporter  53.37 
 
 
416 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3649  ammonium transporter  52.62 
 
 
416 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243704  hitchhiker  0.000385246 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0934  Rh family protein/ammonium transporter  55.09 
 
 
416 aa  403  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3707  ammonium transporter  52.62 
 
 
416 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00259002  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0798  ammonium transporter  52.62 
 
 
416 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0469975  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0651  Rh-like protein/ammonium transporter  54.86 
 
 
416 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3831  ammonium transporter  52.37 
 
 
416 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0618394  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0834  Rh family protein/ammonium transporter  53.58 
 
 
416 aa  398  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2904  Rh-like protein/ammonium transporter  56.58 
 
 
416 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.676438  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2407  ammonium transporter  55.94 
 
 
414 aa  388  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0079  ammonium transporter  54.21 
 
 
416 aa  389  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.376757  normal  0.798164 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0642  putative ammonium transporter  52.63 
 
 
426 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  52.59 
 
 
409 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0980  Rh family protein/ammonium transporter  51.86 
 
 
417 aa  381  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.7151 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03436  hypothetical protein  54.36 
 
 
409 aa  381  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1500  ammonium transporter  54.68 
 
 
414 aa  376  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3162  Rh-like protein/ammonium transporter  52.46 
 
 
416 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0234598  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0196  putative ammonium transporter, marine subtype  56.08 
 
 
417 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  51.94 
 
 
421 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00480  putative ammonium transporter  55.31 
 
 
415 aa  375  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3025  ammonium transporter  54.48 
 
 
406 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.228412  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1340  ammonium transporter  54.9 
 
 
417 aa  371  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002573  ammonium transporter  53.65 
 
 
381 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000132513  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2347  Rh-like protein/ammonium transporter  50.97 
 
 
420 aa  368  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.151921 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0492  Rh-like protein/ammonium transporter  53.85 
 
 
422 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0782  ammonium transporter  47.12 
 
 
511 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0233  ammonium transporter  52.44 
 
 
411 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0507426  normal  0.607723 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  46.8 
 
 
468 aa  357  2.9999999999999997e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  46.58 
 
 
497 aa  352  5e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0136  putative ammonium transporter  54.11 
 
 
411 aa  350  3e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000107717  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  47.18 
 
 
446 aa  349  6e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2955  ammonium transporter  47.54 
 
 
518 aa  349  7e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  47.71 
 
 
525 aa  348  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4312  ammonium transporter  45.66 
 
 
506 aa  347  3e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2044  ammonium transporter, AmtB  50.12 
 
 
420 aa  345  7e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0927087  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0172  Rh family protein/ammonium transporter  51.22 
 
 
417 aa  339  5e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030893  normal  0.412572 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  46.6 
 
 
441 aa  333  3e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  46.65 
 
 
444 aa  333  3e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  44.18 
 
 
476 aa  332  1e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  46.39 
 
 
486 aa  332  1e-89  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  46.39 
 
 
486 aa  332  1e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02961  ammonium transporter  45.73 
 
 
486 aa  330  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0522  Rh family protein/ammonium transporter  48.46 
 
 
423 aa  330  3e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395518  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1629  ammonium transporter  45.98 
 
 
496 aa  329  5.0000000000000004e-89  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03411  ammonium transporter  45.98 
 
 
496 aa  329  5.0000000000000004e-89  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  48.66 
 
 
515 aa  325  8.000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  48.66 
 
 
515 aa  325  8.000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0265  ammonium transporter  45.43 
 
 
487 aa  325  9e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  45.66 
 
 
482 aa  324  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3571  ammonium transporter  45.39 
 
 
446 aa  322  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4477  ammonium transporter  49.38 
 
 
488 aa  322  9.999999999999999e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.341446  normal  0.184801 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0916  ammonium transporter  47.22 
 
 
462 aa  315  7e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.685309  normal  0.315253 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3305  ammonium transporter  46.97 
 
 
408 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508137  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  42.95 
 
 
490 aa  313  2.9999999999999996e-84  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  46.38 
 
 
441 aa  312  6.999999999999999e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  44.36 
 
 
460 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1499  ammonium transporter  46.35 
 
 
584 aa  308  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907074  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  48.88 
 
 
449 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3636  ammonium transporter  46.96 
 
 
509 aa  304  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.348655 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  41.85 
 
 
461 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  41.81 
 
 
489 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  47.26 
 
 
483 aa  301  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  45.07 
 
 
471 aa  300  3e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1796  ammonium transporter  42.13 
 
 
441 aa  299  5e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  46.38 
 
 
442 aa  299  7e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  46.27 
 
 
442 aa  298  9e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0643  Rh-like protein/ammonium transporter  39.31 
 
 
391 aa  298  1e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.32832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  42.82 
 
 
435 aa  297  2e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  42.82 
 
 
435 aa  297  2e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1530  ammonium transporter  44.8 
 
 
512 aa  295  9e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  42.96 
 
 
445 aa  294  2e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  41.19 
 
 
478 aa  288  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  43.2 
 
 
1322 aa  286  4e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  41.42 
 
 
478 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1729  ammonium transporter  42.52 
 
 
507 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.427726  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2218  ammonium transporter  42.29 
 
 
506 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1757  ammonium transporter  42.93 
 
 
437 aa  281  1e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1656  ammonium transporter  42.52 
 
 
507 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0646033  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  43.35 
 
 
441 aa  278  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  42.08 
 
 
458 aa  277  2e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  39.14 
 
 
469 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2528  ammonium transporter  44.12 
 
 
461 aa  273  6e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  39.13 
 
 
644 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2018  ammonium transporter  40.96 
 
 
478 aa  266  4e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.678584  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.8 
 
 
1018 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3599  ammonium transporter  40.59 
 
 
417 aa  263  4.999999999999999e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.65 
 
 
1016 aa  261  1e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0326651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>