More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5140 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5140  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 439 aa  863    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0730511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2492  major facilitator transporter  73.68 
 
 		 438 aa  629  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0783563  normal  0.106757 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5611  major facilitator transporter  70.55 
 
 		 440 aa  590  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5159  major facilitator transporter  71.3 
 
 		 434 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1147  major facilitator superfamily MFS_1  66.82 
 
 		 436 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.114141  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1768  major facilitator transporter  64.69 
 
 		 440 aa  552  1e-156  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31240  putative nrbE-like protein  66.89 
 
 		 436 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011963  unclonable  4.15969e-22 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1582  MFS Ni2+ efflux pump NreB  64.24 
 
 		 440 aa  548  1e-155  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2242  major facilitator superfamily MFS_1  65.91 
 
 		 444 aa  522  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.370083  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0336  major facilitator transporter  61.54 
 
 		 441 aa  520  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4728  major facilitator superfamily MFS_1  64.89 
 
 		 444 aa  503  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.632201 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1884  major facilitator superfamily MFS_1  66.52 
 
 		 444 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.672709 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6144  MFS family nickel efflux transporter protein NreB  63.88 
 
 		 408 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4285  major facilitator superfamily MFS_1  58.01 
 
 		 444 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.181984  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3139  major facilitator superfamily MFS_1  52.58 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3358  major facilitator superfamily MFS_1  50.46 
 
 		 456 aa  378  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3189  major facilitator transporter  50.68 
 
 		 442 aa  375  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00704959 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2968  major facilitator transporter  48.88 
 
 		 442 aa  373  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.433406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4264  major facilitator transporter  52.22 
 
 		 420 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0538931  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3828  major facilitator transporter  51.52 
 
 		 421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0895  major facilitator superfamily MFS_1  58.33 
 
 		 457 aa  340  2.9999999999999998e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3044  major facilitator transporter  42.61 
 
 		 464 aa  325  8.000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3464  hypothetical protein  44.94 
 
 		 394 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.269124  normal  0.0966327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2363  putative NreB protein  52.1 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.602638  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1713  major facilitator superfamily MFS_1  50 
 
 		 432 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.300423  normal  0.77847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0479  major facilitator superfamily MFS_1  32.22 
 
 		 427 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.742618 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1559  major facilitator transporter  23.35 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000341731  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2302  major facilitator superfamily MFS_1  29.93 
 
 		 390 aa  82.8  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000026904  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0698  major facilitator superfamily MFS_1  22.99 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1539  major facilitator transporter  23.35 
 
 		 412 aa  82  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000151531  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1942  multidrug resistance protein; putative tetracycline resistance determinant  24.77 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0213e-35 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3061  major facilitator superfamily MFS_1  28.78 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00310805  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1748  multidrug resistance protein; tetracycline resistance determinant  23.87 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000069396  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2582  permease, putative  25.98 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2318  macrolide-efflux protein  26.83 
 
 		 408 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.31097  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3952  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2589  putative permease  26.22 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.59543e-18 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  28.97 
 
 		 686 aa  71.2  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0752  transporter, putative  28.91 
 
 		 446 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0193  major facilitator superfamily MFS_1  29.37 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0356  major facilitator superfamily MFS_1  30.09 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2402  permease  26.22 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0859078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2577  permease  26.22 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.659755  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33950  arabinose efflux permease family protein  31.35 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.466548  normal  0.73086 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3626  major facilitator transporter  30.84 
 
 		 413 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.348332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4661  major facilitator transporter  30.04 
 
 		 454 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.731341  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2046  hypothetical protein  30.85 
 
 		 448 aa  68.9  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.258697 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19250  major facilitator superfamily MFS_1  21.47 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00108172  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2631  putative permease  24.14 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0615976  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4460  major facilitator superfamily MFS_1  26.27 
 
 		 434 aa  67  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0732  major facilitator superfamily MFS_1  27.24 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000169813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2654  macrolide efflux protein, putative  25.65 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2355  macrolide-efflux protein  23.44 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000199839  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9221  dTMP kinase  31.49 
 
 		 688 aa  65.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2953  major facilitator superfamily MFS_1  27.27 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0279289  hitchhiker  0.000525778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3588  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.273478 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  28.33 
 
 		 688 aa  65.5  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2647  major facilitator transporter  27.45 
 
 		 524 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0066  macrolide-efflux protein  28.04 
 
 		 441 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000436229  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0176  major facilitator transporter  29.15 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.379469  normal  0.234316 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0548  major facilitator superfamily MFS_1  30.22 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.010876  decreased coverage  0.00150074 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3450  major facilitator superfamily MFS_1  26.77 
 
 		 499 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033474 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9059  hypothetical protein  28.83 
 
 		 431 aa  64.3  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2643  major facilitator transporter  25.22 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.238963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2733  major facilitator superfamily MFS_1  28.85 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4177  major facilitator superfamily MFS_1  27.08 
 
 		 476 aa  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0968  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 		 432 aa  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.896564  normal  0.510346 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2984  putative permease  24.45 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000116191 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0543  major facilitator superfamily MFS_1  27.93 
 
 		 448 aa  63.9  0.000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1904  amino acid adenylation domain-containing protein  25.37 
 
 		 1833 aa  63.9  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.844763  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0490  major facilitator superfamily MFS_1  31.84 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2435  putative ABC transporter, permease protein  29.12 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.70932  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1991  major facilitator superfamily MFS_1  24.9 
 
 		 450 aa  63.5  0.000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.762129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1862  major facilitator transporter  25.98 
 
 		 432 aa  63.2  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4779  major facilitator transporter  23.13 
 
 		 428 aa  63.2  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000206756  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2777  permease  23.03 
 
 		 406 aa  62.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.145309  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2227  permease; macrolide-efflux protein  29.06 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0120958  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0242  putative integral membrane efflux protein  25.72 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.305732  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2988  permease  23.03 
 
 		 406 aa  62.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2326  major facilitator superfamily MFS_1  21.75 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2511  ABC transporter, permease protein, putative  27.41 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00150223  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0871  macrolide efflux protein, putative  26.57 
 
 		 394 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1445  major facilitator transporter  23.81 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00616907  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1398  major facilitator transporter  23.72 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.902897  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2707  macrolide efflux protein  24.23 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0968867  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1491  major facilitator transporter  23.81 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.326017  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2286  major facilitator transporter  29.12 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0407537  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2501  putative ABC transporter, permease protein  28.43 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0293  major facilitator superfamily MFS_1  25.55 
 
 		 710 aa  61.6  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.189593  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2305  ABC transporter permease  28.08 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0193471  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2273  permease; macrolide-efflux protein  28.43 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00046211  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2726  macrolide efflux protein  24.23 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.277105  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2480  ABC transporter permease  28.57 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0926781  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0701  major facilitator superfamily MFS_1  20.63 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2027  major facilitator superfamily MFS_1  29.38 
 
 		 436 aa  61.6  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0491  major facilitator superfamily MFS_1  30.54 
 
 		 424 aa  60.8  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0684  major facilitator transporter  24.11 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00476606  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0875  major facilitator superfamily MFS_1  29.07 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00780765  normal  0.0882707 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1568  multidrug resistance protein; tetracycline resistance determinant  25.25 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.766892  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0001  major facilitator transporter  23.05 
 
 		 434 aa  60.5  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.51078  hitchhiker  0.00413697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>