More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0336 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0336  major facilitator transporter  100 
 
 		 441 aa  864    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5611  major facilitator transporter  61.49 
 
 		 440 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2492  major facilitator transporter  61.99 
 
 		 438 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0783563  normal  0.106757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31240  putative nrbE-like protein  61.14 
 
 		 436 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011963  unclonable  4.15969e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1147  major facilitator superfamily MFS_1  61.59 
 
 		 436 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.114141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2242  major facilitator superfamily MFS_1  62.27 
 
 		 444 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.370083  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5159  major facilitator transporter  58.96 
 
 		 434 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1582  MFS Ni2+ efflux pump NreB  57.98 
 
 		 440 aa  486  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1768  major facilitator transporter  58.88 
 
 		 440 aa  488  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5140  major facilitator superfamily MFS_1  61.54 
 
 		 439 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0730511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4728  major facilitator superfamily MFS_1  61.82 
 
 		 444 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.632201 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1884  major facilitator superfamily MFS_1  61.36 
 
 		 444 aa  431  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.672709 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6144  MFS family nickel efflux transporter protein NreB  59.76 
 
 		 408 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4285  major facilitator superfamily MFS_1  56.21 
 
 		 444 aa  410  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.181984  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3139  major facilitator superfamily MFS_1  50.67 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3358  major facilitator superfamily MFS_1  47.4 
 
 		 456 aa  348  1e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3189  major facilitator transporter  46.95 
 
 		 442 aa  347  4e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00704959 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2968  major facilitator transporter  45.48 
 
 		 442 aa  342  7e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.433406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3828  major facilitator transporter  50.86 
 
 		 421 aa  336  5e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4264  major facilitator transporter  51.12 
 
 		 420 aa  331  2e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0538931  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0895  major facilitator superfamily MFS_1  55.37 
 
 		 457 aa  330  4e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3044  major facilitator transporter  41.25 
 
 		 464 aa  309  6.999999999999999e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3464  hypothetical protein  42.64 
 
 		 394 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.269124  normal  0.0966327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2363  putative NreB protein  47.2 
 
 		 307 aa  205  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.602638  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1713  major facilitator superfamily MFS_1  47.22 
 
 		 432 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.300423  normal  0.77847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0479  major facilitator superfamily MFS_1  34.15 
 
 		 427 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.742618 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0698  major facilitator superfamily MFS_1  20.25 
 
 		 397 aa  84.7  0.000000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4661  major facilitator transporter  28.77 
 
 		 454 aa  80.9  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.731341  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0193  major facilitator superfamily MFS_1  30.04 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2720  putative permease  27.7 
 
 		 412 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.093304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2667  putative permease  31.58 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000524828 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2468  permease  31.58 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000564968  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2432  permease  31.58 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0771594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2649  permease  31.58 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.765576  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1748  multidrug resistance protein; tetracycline resistance determinant  23.96 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000069396  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1942  multidrug resistance protein; putative tetracycline resistance determinant  24.15 
 
 		 406 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0213e-35 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3467  thymidylate kinase  27.6 
 
 		 686 aa  75.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2682  permease, putative  31.58 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193571  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2435  putative ABC transporter, permease protein  28.44 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.70932  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2487  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000357828  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2393  permease; macrolide-efflux protein  31.05 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.366369  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2302  major facilitator superfamily MFS_1  29.45 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000026904  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2678  MFS family major facilitator transporter  31.58 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0752  transporter, putative  29.86 
 
 		 446 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0062  major facilitator superfamily MFS_1  23.08 
 
 		 440 aa  73.2  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.175422  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2286  major facilitator transporter  26.96 
 
 		 414 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0407537  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2273  permease; macrolide-efflux protein  26.73 
 
 		 417 aa  72  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00046211  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2227  permease; macrolide-efflux protein  26.73 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0120958  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1559  major facilitator transporter  21.26 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000341731  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2501  putative ABC transporter, permease protein  26.73 
 
 		 415 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2654  macrolide efflux protein, putative  25.26 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1904  amino acid adenylation domain-containing protein  24.68 
 
 		 1833 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.844763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2511  ABC transporter, permease protein, putative  26.77 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00150223  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2305  ABC transporter permease  26.27 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0193471  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2480  ABC transporter permease  26.27 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0926781  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4706  major facilitator superfamily MFS_1  29.86 
 
 		 445 aa  70.9  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.93667 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2576  putative ABC transporter, permease protein  26.26 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00174173  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2627  major facilitator transporter  24.5 
 
 		 410 aa  70.5  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2582  permease, putative  24.39 
 
 		 408 aa  70.1  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0701  major facilitator superfamily MFS_1  23.05 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2046  hypothetical protein  28.17 
 
 		 448 aa  70.1  0.00000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.258697 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  27.8 
 
 		 688 aa  70.1  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1991  major facilitator superfamily MFS_1  21.9 
 
 		 450 aa  69.7  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.762129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3756  major facilitator superfamily MFS_1  22.88 
 
 		 409 aa  69.7  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9059  hypothetical protein  29.02 
 
 		 431 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2633  putative permease  31.87 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.778605  hitchhiker  0.00000416081 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9221  dTMP kinase  32.33 
 
 		 688 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.625222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33950  arabinose efflux permease family protein  27.27 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.466548  normal  0.73086 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7163  major facilitator superfamily MFS_1  26.05 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.886054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2392  major facilitator superfamily MFS_1  28.21 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000384037  normal  0.689164 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0303  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0634781  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1539  major facilitator transporter  21.04 
 
 		 412 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000151531  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0066  macrolide-efflux protein  30.97 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000436229  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3588  major facilitator superfamily MFS_1  24.54 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.273478 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2206  major facilitator transporter  27.23 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5814  major facilitator superfamily MFS_1  25.66 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.915234  hitchhiker  0.00491963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0490  major facilitator superfamily MFS_1  30.16 
 
 		 461 aa  67.8  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3061  major facilitator superfamily MFS_1  29.59 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00310805  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2777  permease  21.38 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2984  putative permease  21.57 
 
 		 404 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000116191 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4177  major facilitator superfamily MFS_1  27.45 
 
 		 476 aa  67.8  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2988  permease  21.38 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0875  major facilitator superfamily MFS_1  26.35 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00780765  normal  0.0882707 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1607  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0422221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0692  major facilitator transporter  26.15 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2726  macrolide efflux protein  21.45 
 
 		 406 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.277105  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2707  macrolide efflux protein  21.38 
 
 		 406 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0968867  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1677  hypothetical protein  26.1 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2643  major facilitator transporter  25.68 
 
 		 399 aa  67  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.238963  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2355  macrolide-efflux protein  24 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000199839  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0369  major facilitator transporter  23.28 
 
 		 418 aa  66.6  0.0000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.616869  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5813  major facilitator superfamily MFS_1  24.36 
 
 		 446 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243583  normal  0.354769 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2631  putative permease  23.31 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0615976  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19250  major facilitator superfamily MFS_1  25.5 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00108172  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2318  macrolide-efflux protein  22.88 
 
 		 408 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.31097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2589  putative permease  23.59 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.59543e-18 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1445  major facilitator transporter  25.9 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00616907  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1491  major facilitator transporter  25.9 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.326017  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2122  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1398  major facilitator transporter  27.12 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.902897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>