73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1730 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6417  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  75.47 
 
 		 428 aa  643    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1730  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  100 
 
 		 429 aa  862    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3736  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  90.68 
 
 		 428 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.255529  hitchhiker  0.00206765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1313  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  82.75 
 
 		 428 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.29904 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  89.28 
 
 		 428 aa  772    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5283  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  74.69 
 
 		 422 aa  625  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5361  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  73.96 
 
 		 422 aa  617  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.752323  normal  0.24577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4816  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  74.45 
 
 		 422 aa  617  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  0.0186172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1848  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  74.57 
 
 		 424 aa  609  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937776 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0623  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.93 
 
 		 440 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.957648  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2042  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  70.62 
 
 		 426 aa  595  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3718  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  75.92 
 
 		 420 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.834431  normal  0.0122696 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07951  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  64.13 
 
 		 418 aa  540  9.999999999999999e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0545  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.95 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05711  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.22 
 
 		 418 aa  528  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.847677  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06091  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.95 
 
 		 418 aa  530  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06011  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.01 
 
 		 418 aa  531  1e-149  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1637  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.58 
 
 		 424 aa  528  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0747  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.09 
 
 		 425 aa  525  1e-148  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.957633  normal  0.357282 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.34 
 
 		 419 aa  527  1e-148  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.926498 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05471  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.84 
 
 		 418 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1873  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.09 
 
 		 418 aa  521  1e-147  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1010  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.67 
 
 		 428 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.398895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3534  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  67.08 
 
 		 427 aa  519  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1619  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.05 
 
 		 416 aa  518  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.43602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0161  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.1 
 
 		 427 aa  514  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1928  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.83 
 
 		 428 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0285  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.83 
 
 		 428 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1910  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  38.08 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.902944  hitchhiker  0.00090668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1536  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  37.53 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2373  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.03 
 
 		 466 aa  253  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0215  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.41 
 
 		 420 aa  252  1e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0817  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.67 
 
 		 466 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0125392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0789  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.67 
 
 		 466 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2304  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.18 
 
 		 467 aa  248  2e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2330  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.96 
 
 		 467 aa  246  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1530  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.21 
 
 		 465 aa  245  9e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1420  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.43 
 
 		 466 aa  245  9e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.172263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.04 
 
 		 468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0324  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.94 
 
 		 420 aa  242  7.999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2029  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.59 
 
 		 420 aa  241  1e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0292807 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2260  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.32 
 
 		 420 aa  242  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.307743 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2194  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.87 
 
 		 420 aa  241  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2388  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.54 
 
 		 420 aa  239  5e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3481  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.14 
 
 		 425 aa  232  9e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35 
 
 		 427 aa  230  4e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0605  hypothetical protein  34.23 
 
 		 447 aa  100  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0404  NifH/frxC-family protein  23.04 
 
 		 731 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.394931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1863  chlorophyllide reductase subunit Y  25.24 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2035  chlorophyllide reductase subunit Y  24.18 
 
 		 412 aa  55.1  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2075  chlorophyllide reductase subunit Y  27.84 
 
 		 412 aa  54.7  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.027568  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2411  chlorophyllide reductase subunit Y  24.9 
 
 		 411 aa  50.8  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.27 
 
 		 535 aa  50.4  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0324  chlorophyllide reductase subunit Y  22.88 
 
 		 412 aa  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.79 
 
 		 410 aa  50.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.66 
 
 		 347 aa  49.7  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.17 
 
 		 466 aa  47  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2703  nitrogen fixation protein NifH/NifE  24.07 
 
 		 746 aa  46.6  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1354  Nitrogenase  24.85 
 
 		 444 aa  46.6  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00134984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2607  Nitrogenase  25.87 
 
 		 501 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0234589  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.33 
 
 		 531 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.66 
 
 		 535 aa  45.8  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2009  nitrogenase  24.52 
 
 		 516 aa  45.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0918882  normal  0.238149 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  31.17 
 
 		 531 aa  45.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3257  chlorophyllide reductase subunit Y  26.76 
 
 		 422 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212884 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  21.5 
 
 		 446 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1432  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.23 
 
 		 519 aa  44.3  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.880154 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.47 
 
 		 568 aa  44.3  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  29.25 
 
 		 532 aa  43.9  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1199  nitrogenase component I, alpha chain  20.71 
 
 		 476 aa  43.9  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3744  chlorophyllide reductase subunit Y  24.24 
 
 		 422 aa  43.9  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000125918 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  20 
 
 		 425 aa  43.5  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4041  nitrogenase component I, alpha chain  21.28 
 
 		 476 aa  43.1  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>