64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3736 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1730  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  90.68 
 
 		 429 aa  783    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3736  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  100 
 
 		 428 aa  862    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.255529  hitchhiker  0.00206765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1313  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  85.28 
 
 		 428 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.29904 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6417  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  76.81 
 
 		 428 aa  646    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  94.16 
 
 		 428 aa  815    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.120682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5283  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  74.45 
 
 		 422 aa  622  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4816  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  75.06 
 
 		 422 aa  618  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  0.0186172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5361  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  73.71 
 
 		 422 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.752323  normal  0.24577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1848  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  75.31 
 
 		 424 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00937776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3718  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  76.9 
 
 		 420 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.834431  normal  0.0122696 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0623  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.68 
 
 		 440 aa  594  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.957648  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2042  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  72.35 
 
 		 426 aa  591  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147701 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07951  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  64.13 
 
 		 418 aa  536  1e-151  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3534  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  68.06 
 
 		 427 aa  535  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1619  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.02 
 
 		 416 aa  531  1e-149  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.43602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1010  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  67.16 
 
 		 428 aa  528  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.398895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0747  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.08 
 
 		 425 aa  525  1e-148  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.957633  normal  0.357282 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06091  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.95 
 
 		 418 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1873  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.34 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05711  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.22 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.847677  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05471  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  63.59 
 
 		 418 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05981  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  62.34 
 
 		 419 aa  524  1e-147  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.926498 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06011  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.76 
 
 		 418 aa  524  1e-147  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0545  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  61.95 
 
 		 418 aa  524  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0161  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.84 
 
 		 427 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1637  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  65.35 
 
 		 424 aa  520  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0285  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.83 
 
 		 428 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1928  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  66.83 
 
 		 428 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.472722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1910  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  38.57 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.902944  hitchhiker  0.00090668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1536  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  37.92 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.120446  hitchhiker  0.00259667 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2330  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.82 
 
 		 467 aa  251  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1420  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.33 
 
 		 466 aa  251  2e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.172263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2304  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.48 
 
 		 467 aa  250  3e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0215  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.66 
 
 		 420 aa  249  6e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0817  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.53 
 
 		 466 aa  249  8e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0125392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2373  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.04 
 
 		 466 aa  249  8e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0789  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  32.53 
 
 		 466 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2194  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.84 
 
 		 420 aa  246  4e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2029  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.58 
 
 		 420 aa  243  5e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0292807 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0324  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.08 
 
 		 420 aa  241  1e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.754207  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2260  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.32 
 
 		 420 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.307743 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1530  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34 
 
 		 465 aa  241  2.9999999999999997e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  33.11 
 
 		 468 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  0.804646 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3481  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  36.76 
 
 		 425 aa  240  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2388  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  34.36 
 
 		 420 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit N  35.25 
 
 		 427 aa  229  6e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0605  hypothetical protein  34.88 
 
 		 447 aa  99  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0404  NifH/frxC-family protein  23.22 
 
 		 731 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.394931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.21 
 
 		 535 aa  49.7  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1863  chlorophyllide reductase subunit Y  23.51 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.22 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2703  nitrogen fixation protein NifH/NifE  23.12 
 
 		 746 aa  47.4  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.15509 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  31.13 
 
 		 532 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  22.79 
 
 		 466 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2035  chlorophyllide reductase subunit Y  23 
 
 		 412 aa  45.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.23 
 
 		 531 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3744  chlorophyllide reductase subunit Y  22.08 
 
 		 422 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000125918 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.05 
 
 		 535 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.23 
 
 		 531 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.48 
 
 		 347 aa  44.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2075  chlorophyllide reductase subunit Y  23.83 
 
 		 412 aa  45.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.027568  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2009  nitrogenase  25.85 
 
 		 516 aa  44.3  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0918882  normal  0.238149 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3257  chlorophyllide reductase subunit Y  31.87 
 
 		 422 aa  44.3  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212884 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.11 
 
 		 525 aa  44.3  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>