More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4804 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4804  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
333 aa  687    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0311388  normal  0.870429 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4802  L-threonine 3-dehydrogenase  82.8 
 
 
315 aa  551  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595386  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  78.91 
 
 
318 aa  525  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  71.29 
 
 
324 aa  474  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4846  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.05 
 
 
331 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.05 
 
 
331 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.41 
 
 
314 aa  389  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.31 
 
 
312 aa  378  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04730  putative oxidoreductase protein  55.97 
 
 
348 aa  377  1e-103  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.08 
 
 
315 aa  342  5e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.48 
 
 
316 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.64 
 
 
315 aa  334  1e-90  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.52 
 
 
325 aa  334  1e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
319 aa  322  5e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.42 
 
 
322 aa  318  5e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366766  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.28 
 
 
321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  47.34 
 
 
321 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  47.65 
 
 
321 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  47.34 
 
 
321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  47.34 
 
 
321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  47.34 
 
 
321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  47.34 
 
 
321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.34 
 
 
321 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  44.51 
 
 
378 aa  303  2.0000000000000002e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  47.77 
 
 
317 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  47.02 
 
 
321 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  45.57 
 
 
318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.14 
 
 
321 aa  285  7e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.347386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.14 
 
 
321 aa  285  7e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.947852  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0194  UDP-glucose 4-epimerase, putative  45.4 
 
 
318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.84 
 
 
316 aa  281  1e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.77 
 
 
320 aa  242  7.999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0588  hypothetical protein  50.23 
 
 
224 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.9 
 
 
357 aa  96.3  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
327 aa  86.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
322 aa  84.7  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.23 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  22.61 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  27.15 
 
 
326 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.22 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.410818  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
326 aa  79.7  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.35 
 
 
310 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 
326 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.21 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
310 aa  74.3  0.000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
277 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
278 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.26 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
311 aa  70.5  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.51 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.89 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
312 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
330 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.6 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.35 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  23.35 
 
 
332 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.6 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
326 aa  68.2  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.67 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.05 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  23.05 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.31 
 
 
316 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.31 
 
 
316 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
326 aa  67  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
308 aa  67  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.45 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.31 
 
 
316 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  22.26 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.31 
 
 
316 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.8 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  26.97 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>