More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1235 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  100 
 
 
318 aa  661    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  62.86 
 
 
321 aa  419  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  63.17 
 
 
321 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  62.86 
 
 
321 aa  419  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  63.17 
 
 
321 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  62.86 
 
 
321 aa  419  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  63.26 
 
 
317 aa  418  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  62.86 
 
 
321 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  63.41 
 
 
378 aa  415  9.999999999999999e-116  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.54 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  62.54 
 
 
321 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.54 
 
 
321 aa  412  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.06 
 
 
325 aa  373  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.35 
 
 
316 aa  370  1e-101  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.06 
 
 
321 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.347386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.06 
 
 
321 aa  365  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.947852  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.24 
 
 
319 aa  364  1e-99  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0194  UDP-glucose 4-epimerase, putative  52.38 
 
 
318 aa  345  8.999999999999999e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0588  hypothetical protein  70.18 
 
 
224 aa  333  3e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.69 
 
 
315 aa  321  9.999999999999999e-87  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.55 
 
 
314 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04730  putative oxidoreductase protein  49.84 
 
 
348 aa  316  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.06 
 
 
312 aa  301  1e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  48.4 
 
 
318 aa  299  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.59 
 
 
315 aa  298  9e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4802  L-threonine 3-dehydrogenase  47.59 
 
 
315 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595386  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4846  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.59 
 
 
331 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.59 
 
 
331 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  45.48 
 
 
324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4804  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0311388  normal  0.870429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.13 
 
 
316 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.54 
 
 
322 aa  276  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366766  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.76 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
357 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.2 
 
 
332 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
332 aa  96.3  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  26.77 
 
 
332 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
323 aa  92.8  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.77 
 
 
329 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.37 
 
 
323 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.83 
 
 
326 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  26.32 
 
 
326 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.38 
 
 
315 aa  86.7  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.64 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.85 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.35 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.54 
 
 
327 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0587  NAD dependent epimerase/dehydratase, N-terminus  49.41 
 
 
91 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.83 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  25.89 
 
 
323 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.89 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  25.89 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  25.89 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.89 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.26 
 
 
330 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  25.89 
 
 
323 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.56 
 
 
325 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
316 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.18 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  26.05 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
331 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.6 
 
 
295 aa  69.7  0.00000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000000196986 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.91 
 
 
319 aa  69.3  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  22.67 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
325 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.51 
 
 
351 aa  68.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  27.13 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
327 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
324 aa  67  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.410818  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  29.07 
 
 
329 aa  65.9  0.0000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  24.84 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.11 
 
 
348 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  24.12 
 
 
347 aa  64.7  0.000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
342 aa  64.7  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.29 
 
 
326 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.16 
 
 
311 aa  62.4  0.000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
328 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
279 aa  62  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
339 aa  62  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  24.5 
 
 
321 aa  61.2  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  24.5 
 
 
321 aa  61.2  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
267 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.12 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.2 
 
 
325 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
330 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  27.06 
 
 
324 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.06 
 
 
277 aa  59.7  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.4 
 
 
342 aa  59.7  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.84 
 
 
305 aa  59.3  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.23 
 
 
322 aa  59.7  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.05 
 
 
330 aa  59.3  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1063  ADP-L-glycero-D-manno-heptose-6-epimerase  26.75 
 
 
312 aa  59.3  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
346 aa  59.3  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>