More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2014 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  99.4 
 
 
332 aa  671    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
332 aa  673    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  99.7 
 
 
332 aa  671    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.6 
 
 
323 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.35 
 
 
326 aa  360  2e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  55.14 
 
 
326 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.14 
 
 
323 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.35 
 
 
326 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.14 
 
 
323 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.14 
 
 
323 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.21 
 
 
323 aa  348  5e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.52 
 
 
323 aa  348  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  55.35 
 
 
323 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.35 
 
 
323 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.35 
 
 
323 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  55.35 
 
 
323 aa  346  3e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  55.03 
 
 
323 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  55.03 
 
 
323 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  54.4 
 
 
323 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.58 
 
 
323 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
326 aa  343  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.21 
 
 
323 aa  337  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.89 
 
 
324 aa  332  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.48 
 
 
329 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.69 
 
 
327 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.38 
 
 
327 aa  322  4e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  49.37 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  49.37 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  46.08 
 
 
315 aa  292  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.32 
 
 
319 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.01 
 
 
327 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  44.97 
 
 
316 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  44.97 
 
 
316 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.28 
 
 
316 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  45.28 
 
 
316 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
316 aa  271  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.43 
 
 
325 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.56 
 
 
315 aa  270  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.82 
 
 
328 aa  269  5.9999999999999995e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
326 aa  268  8e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.09 
 
 
325 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48 
 
 
325 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.43 
 
 
356 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.16 
 
 
330 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.59 
 
 
342 aa  259  5.0000000000000005e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.03 
 
 
328 aa  259  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
327 aa  256  3e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  43.08 
 
 
327 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
327 aa  255  9e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.15 
 
 
328 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
328 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.38 
 
 
327 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
329 aa  249  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.3 
 
 
341 aa  248  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.13 
 
 
328 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
348 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.77 
 
 
314 aa  239  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.21 
 
 
316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  41.59 
 
 
321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
351 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  39.75 
 
 
347 aa  226  3e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
339 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.26 
 
 
311 aa  195  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
325 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  34.59 
 
 
359 aa  187  1e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  34.78 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
316 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  32.72 
 
 
318 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  32 
 
 
635 aa  165  1.0000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  33.86 
 
 
308 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.74 
 
 
306 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
325 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
320 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.93 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  26.2 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  26.77 
 
 
318 aa  96.3  7e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  23.4 
 
 
378 aa  95.5  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  26.18 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  25.83 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  25.83 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  25.83 
 
 
321 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  25.83 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.55 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  25.48 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
321 aa  94.4  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  25.56 
 
 
321 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
316 aa  89.7  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.347386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.947852  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
314 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  25.15 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
357 aa  83.2  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  24.32 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0194  UDP-glucose 4-epimerase, putative  25.47 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>