More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3643 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
328 aa  660    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.67 
 
 
328 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  79.2 
 
 
328 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  82.57 
 
 
328 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  75.23 
 
 
327 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.31 
 
 
326 aa  457  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.91 
 
 
327 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.85 
 
 
325 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.28 
 
 
327 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.18 
 
 
327 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.56 
 
 
327 aa  427  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.33 
 
 
329 aa  411  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.83 
 
 
328 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.98 
 
 
328 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.28 
 
 
330 aa  360  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.32 
 
 
325 aa  358  9e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.97 
 
 
326 aa  281  1e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.94 
 
 
329 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  48.16 
 
 
326 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.16 
 
 
323 aa  272  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
323 aa  272  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
326 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.16 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.17 
 
 
323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
323 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  47.55 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.55 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  47.55 
 
 
323 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.55 
 
 
323 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  47.24 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  47.24 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  47.42 
 
 
323 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.85 
 
 
327 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.73 
 
 
327 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.75 
 
 
314 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.55 
 
 
326 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.84 
 
 
324 aa  258  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  44.34 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  44.65 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.84 
 
 
323 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.43 
 
 
316 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.52 
 
 
316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.52 
 
 
316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
316 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.21 
 
 
316 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  40.68 
 
 
315 aa  243  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.99 
 
 
348 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.65 
 
 
351 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.57 
 
 
319 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  42.64 
 
 
321 aa  233  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  42.64 
 
 
321 aa  233  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.58 
 
 
356 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.07 
 
 
339 aa  226  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.1 
 
 
325 aa  221  9e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.42 
 
 
342 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.17 
 
 
341 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.36 
 
 
315 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  41.8 
 
 
321 aa  206  5e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  36.99 
 
 
316 aa  204  2e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
339 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  34.66 
 
 
347 aa  162  8.000000000000001e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
325 aa  162  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  36.45 
 
 
318 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  34.32 
 
 
328 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.31 
 
 
311 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  35.86 
 
 
308 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  32.86 
 
 
635 aa  149  5e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
306 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  31.6 
 
 
359 aa  143  5e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.32 
 
 
316 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
305 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.48 
 
 
306 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  30.11 
 
 
340 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
357 aa  65.1  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  30.9 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  29.38 
 
 
324 aa  63.9  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  28.98 
 
 
329 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  30.65 
 
 
320 aa  63.5  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  29.38 
 
 
321 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  29.35 
 
 
321 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.62 
 
 
323 aa  63.2  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.43 
 
 
303 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  26.78 
 
 
320 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
300 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581323  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  32.74 
 
 
314 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  31.33 
 
 
329 aa  61.6  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  28.8 
 
 
324 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
317 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.65 
 
 
309 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
274 aa  60.1  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
313 aa  59.7  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.84 
 
 
299 aa  59.7  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>