More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4325 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
327 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.79 
 
 
327 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.58 
 
 
329 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.48 
 
 
327 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.28 
 
 
328 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.42 
 
 
325 aa  441  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.06 
 
 
328 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  66.67 
 
 
327 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.56 
 
 
328 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.44 
 
 
326 aa  424  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.91 
 
 
328 aa  421  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
328 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 
328 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.92 
 
 
330 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.85 
 
 
325 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.02 
 
 
326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  45.26 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.95 
 
 
323 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
323 aa  268  8e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  44.95 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  44.95 
 
 
323 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  43.94 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  44.88 
 
 
326 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.04 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  44.65 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  44.65 
 
 
323 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.51 
 
 
327 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
329 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.12 
 
 
323 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
327 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.6 
 
 
323 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.51 
 
 
326 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
323 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
323 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
323 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.44 
 
 
314 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.33 
 
 
316 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
326 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.33 
 
 
316 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.02 
 
 
316 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.02 
 
 
316 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
332 aa  255  9e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.46 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  41.62 
 
 
332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.02 
 
 
316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.74 
 
 
323 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  38.96 
 
 
315 aa  250  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.9 
 
 
319 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
324 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.51 
 
 
325 aa  235  8e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
351 aa  232  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.24 
 
 
348 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.32 
 
 
315 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.09 
 
 
342 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.39 
 
 
356 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  37.74 
 
 
316 aa  226  3e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
339 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  38.68 
 
 
321 aa  219  7e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  38.68 
 
 
321 aa  219  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.46 
 
 
341 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  38.15 
 
 
321 aa  199  5e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  36.91 
 
 
347 aa  191  2e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.79 
 
 
339 aa  182  7e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
325 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  33.62 
 
 
635 aa  166  5.9999999999999996e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  32.19 
 
 
318 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  31.96 
 
 
328 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.31 
 
 
359 aa  154  2e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  32.59 
 
 
308 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.34 
 
 
305 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.25 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.69 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  33.96 
 
 
303 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
328 aa  76.3  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.321568  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.5 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2726  UDP-glucose 4-epimerase  29.57 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00760058  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
319 aa  72.4  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2586  UDP-glucose 4-epimerase  29.57 
 
 
321 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3129  UDP-glucose 4-epimerase  29.61 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.88 
 
 
325 aa  70.1  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.85 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  32.52 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
357 aa  66.6  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1089  UDP-glucose 4-epimerase  28.8 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2697  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
302 aa  66.2  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  24.22 
 
 
378 aa  65.1  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.8 
 
 
316 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  35.59 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
261 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.53 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
319 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.92 
 
 
305 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.47 
 
 
274 aa  64.3  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
278 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>