More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6012 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.6 
 
 
327 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.08 
 
 
325 aa  485  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  72.78 
 
 
327 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.39 
 
 
328 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.7 
 
 
328 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.31 
 
 
328 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.89 
 
 
327 aa  444  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.71 
 
 
327 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.81 
 
 
329 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.95 
 
 
328 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.44 
 
 
327 aa  424  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.83 
 
 
328 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.85 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.15 
 
 
328 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.23 
 
 
330 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.98 
 
 
329 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.08 
 
 
323 aa  298  7e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
323 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.31 
 
 
326 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  51.08 
 
 
326 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
326 aa  289  6e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
323 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
323 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
323 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.15 
 
 
323 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.62 
 
 
323 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  50.15 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.15 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.54 
 
 
323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  50.15 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.46 
 
 
324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.56 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.26 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  49.85 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  49.85 
 
 
323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  49.38 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
326 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.47 
 
 
314 aa  272  5.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.12 
 
 
332 aa  268  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  45.12 
 
 
332 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  45.12 
 
 
332 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
316 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.34 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.34 
 
 
316 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.03 
 
 
316 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.03 
 
 
316 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  45.4 
 
 
321 aa  258  7e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  45.4 
 
 
321 aa  258  7e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  40 
 
 
315 aa  257  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.71 
 
 
319 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.43 
 
 
348 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.42 
 
 
325 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.68 
 
 
339 aa  237  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.07 
 
 
315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  43.44 
 
 
321 aa  235  9e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.73 
 
 
341 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.56 
 
 
316 aa  228  1e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.77 
 
 
356 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.47 
 
 
342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.94 
 
 
339 aa  206  3e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  39.24 
 
 
347 aa  200  3e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
325 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  34.76 
 
 
635 aa  166  5e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  36.28 
 
 
318 aa  165  8e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  32.84 
 
 
359 aa  159  9e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  34.49 
 
 
328 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.89 
 
 
316 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
311 aa  152  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
306 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  35.53 
 
 
308 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.25 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.34 
 
 
306 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
325 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.23 
 
 
316 aa  80.1  0.00000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.85 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  27.88 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
322 aa  70.5  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3672  UDP-glucose 4-epimerase  33.15 
 
 
328 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0118315 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  25.16 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  23.89 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1463  UDP-glucose 4-epimerase  28.62 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.612123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  24.84 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  24.84 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  24.84 
 
 
317 aa  67  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  24.84 
 
 
321 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  24.52 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  27.84 
 
 
320 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  31.25 
 
 
324 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  34.07 
 
 
303 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
317 aa  63.5  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  30.04 
 
 
333 aa  63.5  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  22.8 
 
 
378 aa  63.2  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
319 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  29.14 
 
 
329 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>