More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5494 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  100 
 
 
306 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  48.14 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.25 
 
 
316 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.97 
 
 
306 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  41.64 
 
 
318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.12 
 
 
311 aa  195  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  41.35 
 
 
328 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
325 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.91 
 
 
305 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  28.48 
 
 
315 aa  138  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
329 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
323 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
327 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  32.09 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.09 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.09 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  32.09 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  32.09 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  32.09 
 
 
323 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
327 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
319 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.69 
 
 
332 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.69 
 
 
332 aa  126  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
323 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
327 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  29.38 
 
 
332 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
327 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
323 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
323 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  29.81 
 
 
326 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
326 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
330 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.97 
 
 
323 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.29 
 
 
316 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.29 
 
 
316 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
316 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.29 
 
 
316 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  31.48 
 
 
323 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.29 
 
 
316 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.17 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  31.72 
 
 
321 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  31.72 
 
 
321 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.51 
 
 
315 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.38 
 
 
324 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  34.7 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.51 
 
 
328 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  29.03 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
326 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
325 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.21 
 
 
328 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
351 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
348 aa  108  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.97 
 
 
314 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
329 aa  105  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.48 
 
 
328 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
342 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
356 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
325 aa  99.4  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  29.13 
 
 
321 aa  99  8e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
339 aa  93.2  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  28.09 
 
 
359 aa  90.1  4e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
316 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  32.98 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  34.09 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  28.08 
 
 
635 aa  72.4  0.000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  25.16 
 
 
347 aa  72  0.00000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  31.4 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
319 aa  69.3  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  29.89 
 
 
336 aa  69.3  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27520  UDP-galactose 4-epimerase  34.12 
 
 
321 aa  68.6  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  29.31 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.162998  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
355 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  31.82 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  32.75 
 
 
328 aa  66.2  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
349 aa  65.9  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
315 aa  65.5  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1866  UDP-glucose 4-epimerase  30.46 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4513  UDP-glucose 4-epimerase  29.24 
 
 
337 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.173775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4679  UDP-glucose 4-epimerase  29.6 
 
 
338 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.60579 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  28.65 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1806  UDP-glucose 4-epimerase  30.16 
 
 
330 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.217645 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  32.94 
 
 
320 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  29.78 
 
 
326 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1175  UDP-glucose 4-epimerase  29.63 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
320 aa  63.2  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5661  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.78 
 
 
329 aa  63.2  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.894525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>