More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4879 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
339 aa  674    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.51 
 
 
342 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.73 
 
 
356 aa  464  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.55 
 
 
351 aa  441  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.68 
 
 
348 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.93 
 
 
341 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.75 
 
 
339 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
327 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
327 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.77 
 
 
329 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.15 
 
 
326 aa  285  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.93 
 
 
326 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  49.69 
 
 
326 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.05 
 
 
323 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  49.55 
 
 
323 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
323 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
323 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  49.54 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.4 
 
 
323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  49.54 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  49.54 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.26 
 
 
326 aa  272  5.000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  49.24 
 
 
323 aa  272  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  49.24 
 
 
323 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  49.24 
 
 
323 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.15 
 
 
324 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.16 
 
 
323 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.47 
 
 
323 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
319 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  44 
 
 
321 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  44 
 
 
321 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.5 
 
 
330 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.68 
 
 
326 aa  237  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  40.98 
 
 
315 aa  235  8e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  41.37 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  41.37 
 
 
332 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
328 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.03 
 
 
316 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.03 
 
 
316 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.03 
 
 
316 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.03 
 
 
316 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.03 
 
 
316 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.25 
 
 
315 aa  229  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.07 
 
 
328 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.64 
 
 
327 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.08 
 
 
325 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.41 
 
 
328 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.03 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.6 
 
 
325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.99 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.88 
 
 
327 aa  219  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  40.55 
 
 
316 aa  218  1e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.79 
 
 
329 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.64 
 
 
327 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.19 
 
 
328 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  39.16 
 
 
321 aa  207  1e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  40.91 
 
 
327 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
328 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.34 
 
 
314 aa  205  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  36.5 
 
 
347 aa  176  4e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  36.47 
 
 
318 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  32.01 
 
 
635 aa  155  1e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
311 aa  152  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.55 
 
 
325 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  31.72 
 
 
359 aa  139  6e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  30.77 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  32.62 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.97 
 
 
306 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.68 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
325 aa  76.6  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
313 aa  76.3  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.47 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  24.61 
 
 
378 aa  68.9  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  26.06 
 
 
324 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.07 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
315 aa  68.2  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  28.22 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.42 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.02 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.65 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.35 
 
 
306 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.78 
 
 
316 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  25.42 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  24.58 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
317 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.64 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  24.17 
 
 
321 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
329 aa  64.3  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.51 
 
 
307 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>