More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02291 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  100 
 
 
318 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4802  L-threonine 3-dehydrogenase  84.66 
 
 
315 aa  554  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595386  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4804  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.91 
 
 
333 aa  525  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0311388  normal  0.870429 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4846  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.31 
 
 
331 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.31 
 
 
331 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  68.4 
 
 
324 aa  461  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.26 
 
 
314 aa  399  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04730  putative oxidoreductase protein  58.12 
 
 
348 aa  381  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.37 
 
 
312 aa  379  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.8 
 
 
315 aa  348  9e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.23 
 
 
316 aa  345  4e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.02 
 
 
322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366766  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.57 
 
 
315 aa  323  2e-87  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.38 
 
 
319 aa  322  6e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.67 
 
 
325 aa  322  8e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.84 
 
 
321 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  48.89 
 
 
321 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  48.89 
 
 
321 aa  308  5e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  48.57 
 
 
321 aa  308  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  48.57 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  48.57 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  48.57 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  48.72 
 
 
317 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.25 
 
 
321 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  47.95 
 
 
321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  47.95 
 
 
378 aa  302  5.000000000000001e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  48.4 
 
 
318 aa  299  3e-80  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.28 
 
 
321 aa  274  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.347386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.28 
 
 
321 aa  274  1.0000000000000001e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.947852  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.23 
 
 
316 aa  273  3e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0194  UDP-glucose 4-epimerase, putative  44.63 
 
 
318 aa  265  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0588  hypothetical protein  51.13 
 
 
224 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
320 aa  227  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
322 aa  97.8  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
324 aa  93.6  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.410818  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.08 
 
 
357 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
327 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  28.27 
 
 
326 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
332 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.85 
 
 
332 aa  82.8  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0868  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  24.85 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
310 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.88 
 
 
323 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
323 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
311 aa  75.9  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
333 aa  75.9  0.0000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
308 aa  72.8  0.000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.48 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.81 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  21.67 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
312 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.75 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
322 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.29 
 
 
326 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  26.4 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.11 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.86 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1547  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.121163  normal  0.417102 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.39 
 
 
323 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  23.31 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
311 aa  68.9  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.84 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  26.34 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.83 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
306 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0877  UDP-glucose 4-epimerase  33.33 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.06 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.89 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.4 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  27.06 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
325 aa  66.6  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.64 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>