More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1637 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  655    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  66.67 
 
 
326 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.04 
 
 
326 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.4 
 
 
323 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.4 
 
 
323 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.78 
 
 
323 aa  428  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.31 
 
 
329 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.4 
 
 
323 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  63.86 
 
 
323 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.78 
 
 
323 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.78 
 
 
323 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.4 
 
 
323 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  62.85 
 
 
323 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  62.85 
 
 
323 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  62.85 
 
 
323 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  62.85 
 
 
323 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  62.54 
 
 
323 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  62.54 
 
 
323 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.73 
 
 
326 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.5 
 
 
323 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.19 
 
 
324 aa  364  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.35 
 
 
332 aa  360  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54.35 
 
 
332 aa  359  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  54.04 
 
 
332 aa  358  5e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.83 
 
 
327 aa  351  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.22 
 
 
327 aa  345  7e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.24 
 
 
316 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  49.24 
 
 
316 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.93 
 
 
316 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.93 
 
 
316 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.93 
 
 
316 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  47.55 
 
 
321 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  47.55 
 
 
321 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  47.99 
 
 
315 aa  300  2e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.25 
 
 
319 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.36 
 
 
329 aa  290  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.33 
 
 
326 aa  289  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 
327 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 
342 aa  285  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.81 
 
 
327 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.27 
 
 
328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.71 
 
 
356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.02 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.36 
 
 
327 aa  283  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.97 
 
 
328 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
328 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  45.17 
 
 
315 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 
325 aa  278  7e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.24 
 
 
328 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  44.98 
 
 
327 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.45 
 
 
341 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.26 
 
 
339 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.71 
 
 
325 aa  271  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.76 
 
 
328 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.87 
 
 
328 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.56 
 
 
325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.33 
 
 
351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.95 
 
 
314 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.82 
 
 
330 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.96 
 
 
348 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  41.77 
 
 
321 aa  239  5.999999999999999e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  40.25 
 
 
316 aa  238  8e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.06 
 
 
339 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  39.94 
 
 
347 aa  215  9e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
325 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  35.43 
 
 
635 aa  194  2e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
311 aa  192  9e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  35.94 
 
 
318 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  34.24 
 
 
359 aa  177  2e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
306 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  32.25 
 
 
328 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
316 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  32.53 
 
 
308 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
305 aa  135  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.69 
 
 
306 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
320 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
315 aa  93.6  5e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
319 aa  89.4  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.29 
 
 
316 aa  84  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
314 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
325 aa  80.1  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  25.62 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  27.34 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  25.82 
 
 
324 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  32.22 
 
 
337 aa  72.8  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.04 
 
 
309 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  24.68 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2141  UDP-glucose 4-epimerase  30.39 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  25 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34716  nad-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  24.29 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  24.68 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  24.68 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  24.68 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  24.68 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2451  UDP-glucose 4-epimerase  31.52 
 
 
341 aa  70.1  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0563953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>